櫛孔扇貝(Chlamys farreri)cSNP的開發(fā)及其在單倍型構(gòu)建中的應用.pdf

1、1.櫛孔扇貝SNP的篩選本研究隨機選取了500條櫛孔扇貝454測序的cDNA序列,針對其中的候選位點設計引物和探針,共有259對引物成功擴增,引物可用率為68.5％,產(chǎn)物的大小在70-900bps之間,與預期一致的有187對引物。取PCR產(chǎn)物大小在70-150 bps之間的引物對作為可用的引物,共187對,占引物設計總設計數(shù)目的49.5％。用6個個體對這187對引物進行探針驗證,可用于分型的有101個位點,探針的可用率為54％。

2、　　 實驗采用HRM方法分型,用5個野生群體的48個個體進行篩選,共得到44個多態(tài)的SNP位點,包括34個轉(zhuǎn)換和10個顛換。這44個多態(tài)位點來源的cDNA序列總長約為27646 bps,占總候選位點數(shù)目的17.4％,開發(fā)位點的密度相當于約630 bps／SNP。
　　 用青島群體的48個個體對這44個位點進行遺傳評價。位點的主要遺傳參數(shù)顯示:44個位點在這5個群體中均具有多態(tài)性,期望雜合度在0.100到0.505之間,觀測雜合

3、度在0.104到0.875之間,其中有40個位點符合哈溫平衡。以上結(jié)果表明櫛孔扇貝基因組的轉(zhuǎn)錄區(qū)域變異度較高。
　　 2.單倍型的構(gòu)建從數(shù)據(jù)庫中選取采用48個青島群體分型的SNP位點,將所在序列進行聚類得到8個Block,長度在376-2359 bps之間,平均長度為972 bps,每個Block包含3或4個SNP。PAGE檢測顯示C34869CHF、C5273CHF長度與預期大小基本一致。采用PHASE2.1程序進行單倍型的構(gòu)

4、建及單倍型頻率的計算8個Block的單倍型及頻率,單倍型的數(shù)量在8到16之間,位點的平均等位形式數(shù)目為12。
　　 C16019CHF和C5471CHF分別有三種和兩種主要的等位形式,其分布頻率分布在0.000206—0.069202之間,單倍型頻率差異顯著,單倍型可確定的個體數(shù)為分別為28和29。C34869CHF的16種單倍型頻率差異不顯著,單倍型可確定的個體數(shù)僅為1。其他5個區(qū)域的單倍型頻率分布情況與C16019CHF和C