6株豬圓環(huán)病毒流行毒株全基因組的序列測(cè)序及分析.pdf

1、Porcine circovirus type2(PCV2)不僅是引起仔豬斷奶多系統(tǒng)衰竭征的主要病原體,而且還與其它病癥相關(guān).PCV2的危害在于能夠使感染豬只的免疫功能受到損害,這種可導(dǎo)致機(jī)體免疫抑制的病毒,由于經(jīng)常以亞臨床感染的形式出現(xiàn),常易被忽視.因此應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步加強(qiáng)對(duì)PCV2感染的流行病學(xué)及分子病學(xué)研究.該研究采用PCR診斷技術(shù)對(duì)所收集的73份疑似PCV2病的病料進(jìn)行檢測(cè),得到18份PCV2陽(yáng)性病料.采用反向PCR技術(shù)對(duì)陽(yáng)性病料中的

2、6株豬圓環(huán)病毒Ⅱ型(PCV2)進(jìn)行全基因的擴(kuò)增、克隆和測(cè)序,得到長(zhǎng)度為1768或1767bp的目的基因片段.應(yīng)用DNAstar序列分析軟件對(duì)所測(cè)定的6株P(guān)CV2序列進(jìn)行同源性分析.結(jié)果顯示,六株之間的核苷酸同源性為95.5％~100%.應(yīng)用計(jì)算機(jī)分析兩個(gè)主要閱讀框ORF1和ORF2并推導(dǎo)其氨基酸序列,分離株ORF1的核苷酸及氨基酸之間的同源性分別為96.9%~100.0%和98.1%~100%,說(shuō)明ORF1非常保守,這與其編碼蛋白的功能

3、有關(guān).分離株ORF2之間的核苷酸及氨基酸同源性分別為92.9%~100%和92.3%~100%,變異相對(duì)于ORF1較大,與國(guó)外已發(fā)表毒株的ORF2比較,發(fā)現(xiàn)變異主要發(fā)生在三個(gè)區(qū)域,其中兩個(gè)與病毒的抗原表位相對(duì)應(yīng),推測(cè)這些變異可能與PCV2抗原性及致病性的改變有關(guān).應(yīng)用Mega和CLUSTAL分析軟件對(duì)分離株和國(guó)內(nèi)外已發(fā)表的34株P(guān)CV2及2株P(guān)CV1序列進(jìn)行比較,并建立了遺傳進(jìn)化樹.該進(jìn)化樹主要分為兩大群,兩個(gè)基因型遺傳距離上相對(duì)較遠(yuǎn),