豬偽狂犬病病毒HeN1株全基因組測(cè)序與病毒遺傳變異分析.pdf

1、豬偽狂犬病(Pseudorabies，PR)是由豬偽狂犬病病毒(Pseudorabies virus，PRV)引起的一種豬傳染病，其臨床癥狀主要為妊娠母豬發(fā)生流產(chǎn)和仔豬出現(xiàn)神經(jīng)癥狀，給養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大損失。自上世紀(jì)90年代我國(guó)豬群通過免疫疫苗而有效控制該病，但自2011年下半年以來，在我國(guó)黑龍江、吉林、河南、江蘇等多個(gè)省份的免疫Bartha-K61疫苗的豬場(chǎng)相繼爆發(fā)了PR。2012年，本實(shí)驗(yàn)室于河南某免疫Bartha-K61疫苗豬場(chǎng)分離

2、出一株P(guān)RV，命名為HeN1株，并證明疫苗Bartha-K61不能對(duì)HeN1感染提供完全的保護(hù)。此后，國(guó)內(nèi)多個(gè)實(shí)驗(yàn)室也相繼分離到了類似毒株。然而目前，對(duì)我國(guó)PRV當(dāng)前流行毒株的分子特征、遺傳變異情況尚不清楚。
　　本研究對(duì)PRV HeN1株進(jìn)行了全基因組測(cè)序和注釋。同時(shí)將HeN1序列與僅有的5條PRV完整基因組序列和1條90％以上完整序列進(jìn)行了全基因組水平上的比較分析。分析結(jié)果表明，與國(guó)外毒株相比HeN1有多處插入、缺失。同時(shí)本研

3、究設(shè)計(jì)了多對(duì)覆蓋插入、缺失區(qū)域的引物，驗(yàn)證了多株國(guó)內(nèi)不同時(shí)期和省份的PRV分離株也存在這些缺失、插入。國(guó)內(nèi)毒株的這種缺失、插入特征提示我國(guó)流行的PRV與國(guó)外毒株之間存在著明顯的差異。
　　本研究進(jìn)而對(duì)PRV又進(jìn)行了系統(tǒng)分型研究。國(guó)外學(xué)者利用兩種不同分型方法對(duì)PRV進(jìn)行過較詳細(xì)分型研究，然而我國(guó)毒株尚未有分型的報(bào)道。本研究利用限制性片段多態(tài)性(RFLP)分型方法和gC遺傳進(jìn)化分類方法對(duì)PRV進(jìn)行了分型研究。首次指出，我國(guó)流行的PRV

4、與國(guó)外PRV毒株分別屬于兩個(gè)不同的基因亞型:國(guó)外毒株主要屬于基因Ⅰ型，中國(guó)毒株主要屬于基因Ⅱ型。HeN1和Bartha-K61的血清對(duì)這兩株病毒的交叉中和實(shí)驗(yàn)結(jié)果也表明這兩株病毒間存在一定的抗原性差異。感染和毒力相關(guān)基因的遺傳變異表明我國(guó)PRV流行株的感染和毒力相關(guān)基因具有相似的分子特征，與我國(guó)早期PRV相應(yīng)基因同源性較高。相比之下，國(guó)外毒株與國(guó)內(nèi)毒株間各相關(guān)基因有較大突變和缺失、插入，二者進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。
　　簡(jiǎn)單重復(fù)序列(sim

5、ple sequence repeats，SSR)是用來分析皰疹病毒遺傳變異的重要分子特征。本研究對(duì)PRV全基因組序列的SSR進(jìn)行了全面的分析和比較。結(jié)果表明SSR在3株中國(guó)毒株和3株國(guó)外毒株間存在很大差異，而在各基因型內(nèi)部差別較小。SSR廣泛參與了PRV基因組的變異，并導(dǎo)致兩基因型間很多特征插入缺失區(qū)域的產(chǎn)生。我們還比較了單純皰疹病毒Ⅰ型(HSV-1)和PRV這兩種病毒的同源蛋白在毒株間的變異性，我們發(fā)現(xiàn)PRV編碼蛋白在株間變異性比H