channel catfish rag1基因測(cè)序及rag1表達(dá)在淋巴細(xì)胞來(lái)源腫瘤MRD檢測(cè)中的應(yīng)用.pdf

1、第三軍醫(yī)大學(xué)碩士學(xué)位論文channelcatfishrag1基因測(cè)序及rag1表達(dá)在淋巴細(xì)胞來(lái)源腫瘤MRD檢測(cè)中的應(yīng)用姓名：公衍文申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：臨床檢驗(yàn)診斷學(xué)指導(dǎo)教師：府偉靈20031101第三軍醫(yī)大學(xué)碩士學(xué)位論文75.提取35例淋巴細(xì)胞來(lái)源的腫瘤患者57份外周血標(biāo)本中單個(gè)核細(xì)胞的基因組DNA和總RNA用RTPCR檢測(cè)rag1基因表達(dá)，用通用引物PCR聯(lián)合檢測(cè)IgH和TCRγ基因重排。提取Jurkat細(xì)胞株的基因組DNA和總R

2、NA作陽(yáng)性對(duì)照。結(jié)果：1.用簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增出三段channelcatfishrag1基因的DNA片段其序列經(jīng)BLAST分析證實(shí)。2.找到一2235bp的F，編碼744個(gè)氨基酸(G＋C)％為49.3％，起始密碼子是624位起的ATG終止密碼子是第2856位起的TGA。3.發(fā)現(xiàn)一293bp的內(nèi)含子(第228~520位堿基)，與Zebrafish和RainbowTroutrag1基因內(nèi)含子的相似率分別是49.1%和44.3%。4.BLASTN及

3、BLASTX結(jié)果顯示，所得channelcatfishrag1基因序列與其它物種rag1基因的相似性多大于70%而推導(dǎo)的氨基酸序列核心區(qū)域的相似性部分甚至大于80%。5.channelcatfish的rag1基因(去除內(nèi)含子后的序列)與zebrafish、rainbowtrout、bullshark的rag1基因cDNA全序列堿基一致的位點(diǎn)占43.9%(12852925)。自第1352~2925位堿基(去除內(nèi)含子后的Channelcat

4、fishrag1序列)為53.1%(8361574)，而自第1~1351位堿基為33.2%(4491351)，有非常顯著的差異(p0.01)。6.channelcatfish、zebrafish與親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的爪蛙、雞、鼠、兔、人的rag1基因cDNA全序列和Rag1蛋白氨基酸序列的比對(duì)結(jié)果顯示預(yù)測(cè)的channelcatfishRag1蛋白氨基酸序列中最保守的區(qū)域是第401~500位氨基酸，氨基酸一致位點(diǎn)達(dá)80%，而這一區(qū)域堿基一致位點(diǎn)

5、只占43%，兩者有非常顯著的差異（p0.001）。7.以上物種Rag1蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)顯示在這一區(qū)域均為βαβ超二級(jí)結(jié)構(gòu)，并在同一位置上有一相同的較大的片層結(jié)構(gòu)。8.rag1表達(dá)檢測(cè)淋巴細(xì)胞來(lái)源腫瘤MRD的陽(yáng)性率顯著高于IgH或TCRγ基因重排單獨(dú)檢測(cè)(p0.05)；rag1表達(dá)檢測(cè)和IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測(cè)MRD的陽(yáng)性率分別是73.7%(4257)和68.4%(3957)，檢測(cè)限分別為2x104和1x103無(wú)顯著性差異，檢測(cè)結(jié)果

6、的一致率為80.7%(4657)；7份標(biāo)本rag1表達(dá)檢測(cè)陽(yáng)性而IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測(cè)陰性，4份標(biāo)本IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測(cè)陽(yáng)性而rag1表達(dá)檢測(cè)陰性。結(jié)論：1.首次用簡(jiǎn)并引物成功擴(kuò)增出三段序列未知的channelcatfishrag1基因的DNA片段。拼接后的序列在GenBank中的登記號(hào)是：AY423858(去除內(nèi)含子序列)，AY423859(包含內(nèi)含子序列)。2.對(duì)所獲得的channelcatfishrag1基因