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1、目的:對(duì)一個(gè)HNPCC家系中3例患者進(jìn)行全外顯子測(cè)序,初步篩選HNPCC的易感基因。
方法:收集一個(gè)典型HNPCC家系中3個(gè)患者的靜脈血采用全外顯子捕獲和新一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行高通量測(cè)序,測(cè)序結(jié)果與人類HAPMAP, dbSNP130和1000 Genome Project數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)過濾己報(bào)道的常見變異,再過濾掉同義突變,將先證者及其弟、其妹三人單核苷酸非同義突變進(jìn)行整合,初步篩選出HNPCC候選基因。
結(jié)果:①通過
2、原始質(zhì)量評(píng)分過濾,兄弟妹三個(gè)患者共得到60.4G的數(shù)據(jù)。②過濾掉不在外顯子區(qū)域的單核苷酸變化(SNVs),落在外顯子區(qū)域的單核苷酸變化數(shù)目分別為91,224,395個(gè),133,688,255個(gè)105,656,069個(gè);過濾掉公共數(shù)據(jù)庫(kù)(HAPMAPB,dbSNP130和1000Genome Project)的常見變異,落在外顯子區(qū)域的未報(bào)道的單核苷酸變化數(shù)目分別為83,257,847、120,411,348個(gè)和95,653,932個(gè);過
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