口腔黏膜上皮細(xì)胞癌變過(guò)程基因表達(dá)變化研究.pdf

1、目的：根據(jù)已經(jīng)建立的口腔黏膜上皮細(xì)胞體外癌變模型，檢測(cè)癌變過(guò)程細(xì)胞基因組的變化及基因表達(dá)的變化，尋找與癌變過(guò)程相關(guān)的基因組變化及相關(guān)的基因，并探討此細(xì)胞癌變相關(guān)基因與口腔鱗癌發(fā)生發(fā)展的相關(guān)性，為深入研究口腔鱗癌分子發(fā)病機(jī)制提供可靠的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。 方法：使用課題組前期建立的口腔黏膜上皮細(xì)胞體外癌變模型：人用生化口腔上皮細(xì)胞系HIOEC細(xì)胞，經(jīng)化學(xué)致癌劑苯丙芘誘導(dǎo)后自56代開(kāi)始具有裸鼠皮下成瘤特性的HIOEC-BaP(HB)細(xì)胞(取5

2、6代和96代細(xì)胞)，和經(jīng)苯丙芘聯(lián)合促癌劑佛波酯誘導(dǎo)形成的不具備裸鼠皮下成瘤特性的HIOEC-BaP-TPA(HBT)(取47代和74代細(xì)胞)，經(jīng)基因芯片(AffymetrixU133plus2.0)檢測(cè)，獲得此模型中各細(xì)胞癌變過(guò)程中的差異基因表達(dá)譜，由此數(shù)據(jù)中選擇了30條基因進(jìn)行了RT-PCR驗(yàn)證，通過(guò)倍數(shù)變化分析、GSEA分析、GO分類獲得該細(xì)胞癌變模型中差異基因表達(dá)譜的各種特征；繼而使用AffymetrixSNP芯片(HumanMa

3、pping500KArraySet)檢測(cè)HIOEC、HB-56p、HB-96p和HBT74p細(xì)胞在基因組水平的變化，并將表達(dá)譜數(shù)據(jù)與基因組的變異結(jié)合分析。選擇IGFBP3和GDF15兩個(gè)在細(xì)胞癌變模型中變化較大的因子在細(xì)胞癌變模型和臨床口腔癌組織標(biāo)本中進(jìn)行了進(jìn)一步驗(yàn)證。 結(jié)果：成功獲得該細(xì)胞癌變模型的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，經(jīng)過(guò)RT-PCR驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)該發(fā)現(xiàn)該組數(shù)據(jù)基本可靠，可以作為基因步研究的基礎(chǔ)；通過(guò)交集分析根據(jù)各基因的倍數(shù)變化將各差異表

4、達(dá)基因分布于由HIOEC細(xì)胞向HB-56p，繼而向HB-96p轉(zhuǎn)化的兩個(gè)過(guò)程中；根據(jù)各細(xì)胞有無(wú)成瘤性及成瘤能力的高低等特性分成數(shù)類，通過(guò)基因集合富集分析，找出在各種類別細(xì)胞中富集表達(dá)的基因集合，作為進(jìn)一步研究該細(xì)胞模型癌變機(jī)制的假說(shuō)；經(jīng)過(guò)SNP芯片的檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)HB細(xì)胞在3p12、3q25、5p15、11q14、14q22、15q25等染色體位點(diǎn)的基因擴(kuò)增，以及在20q12、22q13、9q31等位點(diǎn)的基因缺失，結(jié)合基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行GSE

5、A分析，可以發(fā)現(xiàn)該癌變模型基因組的異常與基因的表達(dá)狀態(tài)有密切關(guān)系。經(jīng)過(guò)對(duì)IGFBP3和GDF15兩個(gè)因子在細(xì)胞癌變模型和臨床口腔癌組織標(biāo)本中的驗(yàn)證，初步發(fā)現(xiàn)兩種因子的表達(dá)和口腔鱗癌有一定關(guān)系；IGFBP3對(duì)于不成瘤的HIOEC細(xì)胞和有成瘤性的HB-96p細(xì)胞及口腔舌鱗癌細(xì)胞系Tca8113及TSCC增殖的影響是不同的。 結(jié)論：1.本研究獲得口腔黏膜上皮細(xì)胞體外癌變模型的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了其可靠性，通過(guò)生物信息學(xué)分析初步