細胞因子TNF-α誘導的HepG2肝癌細胞及HL-7702正常人肝細胞的microRNA表達譜差異分析.pdf

1、近年來，miRNA(microRNA)被報道與一些致癌過程有關，其機制可能是充當了腫瘤抑癌基因或癌基因的功能，能調(diào)節(jié)在人類癌癥的發(fā)生和發(fā)展中起重要作用的靶標基因的表達。新一代高通量測序技術是繼高通量芯片檢測技術之后對基因表達差異進行分析的最為高效、準確的技術平臺之一，該技術在miRNA表達譜分析中已經(jīng)得到越來越廣泛的應用。本論文利用新一代高通量測序平臺SOLiD4.0系統(tǒng)對兩種細胞系（HepG2肝癌細胞和HL-7702正常肝細胞）在TN

2、F-α誘導前后分別進行了miRNA表達譜檢測和差異分析，主要研究內(nèi)容分以下幾部分:
　　 1、利用新一代高通量測序技術及相關生物信息學方法研究了HepG2肝癌細胞及正常人肝細胞的miRNA表達譜差異。表達譜比對分析中發(fā)現(xiàn)，HepG2肝癌細胞中21個miRNA表達顯著上調(diào):hsa-miR-105、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-320d、hsa-miR-767-5p、hsa-miR-

3、99b*、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-877等;18個miRNA的表達顯著下調(diào):hsa-miR-126、hsa-miR-203、hsa-miR-365、hsa-miR-577、hsa-miR-664等。隨后結合功能注釋的結果和已有的研究報道，對以上miRNA在肝癌及相關癌細胞中的生長和凋亡調(diào)控中的作用進行了系統(tǒng)的討論。
　　 2、利用新一代高通量測序技術及相關生物信息學方法研究了經(jīng)過TNF-α在不同處理時間（0

4、.5h和1.5h）誘導的HepG2肝癌細胞(H)及正常人肝細胞HL-7702(L)的miRNA表達譜，并建立了四組比對體系L-0.5/L-negative、L-1.5/L-negative、H-0.5/H-negative和H-1.5/H-negative，分別找出了HepG2人類肝癌細胞株和HL-7702人正常肝細胞株在不同的TNF-α誘導時間情況下異常表達顯著的miRNA，并通過功能注釋對其功能進行了探討。研究發(fā)現(xiàn)，HepG2細胞受

5、TNF處理后，得到較多的miRNA表達異常，其中大部分為表達顯著下調(diào)，下調(diào)miRNA中發(fā)現(xiàn)若干癌癥相關的miRNA，推測TNF-α具有抑制具有癌基因功能的miRNA的致癌機制，從而誘導癌細胞進行凋亡。而正常人肝細胞受TNF-α處理后，miRNA表達差異顯著的miRNA較少，其中多為上調(diào)。TNF-α對非癌細胞的作用并不明顯。
　　 3、在TNF-α誘導的HepG2和正常人肝細胞的miRNA表達譜分析的基礎上，嘗試對人類基因組范圍內(nèi)

6、miRNA和Rel/NF-κB家族分子相互調(diào)控關系的探索。研究建立了miRNA和Rel/NF-κB家族分子相互調(diào)控的模型，使用靶基因預測和blast比對搜索相結合的方式進行檢索。預測了2個miRNA-Rel/NF-κB反饋調(diào)控關系，即NFKBIAhsa-mir-196b/Rel/NF-κB和hsa-mir-219-1/Rel/NF-κB。這種對于全基因組范圍內(nèi)miRNA和NF-κB家族因子相互作用關系的搜索只是一個初步的探索，其結果還需