MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析在快速鑒定臨床細(xì)菌中的應(yīng)用.pdf

1、第一部分 MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析在快速鑒定臨床疑難細(xì)菌中的應(yīng)用
　　目的：評(píng)價(jià) MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析在快速鑒定臨床少見或疑難細(xì)菌中的應(yīng)用，提高臨床少見或疑難細(xì)菌鑒定的準(zhǔn)確性，縮短細(xì)菌鑒定時(shí)間。
　　方法：收集2014年1月～2015年12月安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院分離自血液、痰液、分泌物、胸水及尿液等標(biāo)本的臨床少見或疑難細(xì)菌90株，以16S rRNA序列分析為金標(biāo)準(zhǔn)，

2、比較MALDI-TOF MS與Vitek2 Compact鑒定系統(tǒng)鑒定的準(zhǔn)確性及三種方法的鑒定時(shí)間。
　　結(jié)果：90株臨床少見或疑難細(xì)菌中，MALDI-TOF MS將78株（86.7％）鑒定到種水平，9株（10.0%）鑒定到屬水平，3株（3.3%）未能鑒定；Vitek2 Compact鑒定系統(tǒng)將61株（67.8%）鑒定到種水平，11株（12.2%）鑒定到屬水平，18株（20.0%）未能鑒定；90株均擴(kuò)增到16S rRNA目的基因片

3、段并成功測(cè)序，86株(95.6%)鑒定到種水平，4株(4.4%)鑒定到屬水平。以16S rRNA序列分析為金標(biāo)準(zhǔn)， MALDI-TOF MS和 Vitek2 Compact鑒定系統(tǒng)正確鑒定到種水平準(zhǔn)確性分別為85.6%（77/90）和57.8%（52/90），兩者差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（χ2=90，P=0.000）。Vitek2 Compact系統(tǒng)與MALDI-TOF MS鑒定結(jié)果在屬水平一致的有64株（71.1%），不一致的有26株（28.

4、9%）。MALDI-TOF MS、Vitek2 Compact和16S rRNA序列分析鑒定所需時(shí)間分別約為10min/株、8～12 h/株、10 h/株。
　　結(jié)論：與Vitek2 Compact鑒定系統(tǒng)相比，MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析對(duì)臨床少見或疑難細(xì)菌具有較好的鑒定準(zhǔn)確性。MALDI-TOF MS鑒定時(shí)間顯著縮短，可以作為臨床微生物實(shí)驗(yàn)室細(xì)菌鑒定的重要方法之一。
　　第二部分 MALDI-TOF

5、 MS和熒光定量PCR在快速鑒定腹膜透析相關(guān)性腹膜炎細(xì)菌中的應(yīng)用
　　目的：評(píng)價(jià)菌膜MALDI-TOF MS鑒定法和熒光定量PCR在快速鑒定腹膜透析相關(guān)性腹膜炎細(xì)菌中的應(yīng)用價(jià)值。
　　方法：收集安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院2014年4月～2015年8月收治的CAPD腹膜炎患者80例，留取患者初入院經(jīng)驗(yàn)性抗生素使用之前第一袋腹透液，采取以下方法：①將腹透液接種血培養(yǎng)瓶中，置于血培養(yǎng)系統(tǒng)培養(yǎng)，待血培養(yǎng)瓶報(bào)警，轉(zhuǎn)種三份哥倫比亞血液瓊脂

6、平板，第一份培養(yǎng)18～24h后，進(jìn)行Vitek2 Compact系統(tǒng)鑒定；第二份培養(yǎng)8h后取菌膜進(jìn)行MALDI-TOF MS鑒定；第三份培養(yǎng)24 h后進(jìn)行MALDI-TOF MS鑒定做為菌膜MALDI-TOF MS鑒定方法的陽(yáng)性對(duì)照。②直接提取濃縮腹透液標(biāo)本DNA，應(yīng)用基于16S rRNA基因的熒光定量PCR進(jìn)行細(xì)菌鑒定。比較常規(guī)血培養(yǎng)方法、菌膜MALDI-TOF MS鑒定法和熒光定量PCR從標(biāo)本接收到完成鑒定結(jié)果所需時(shí)間。
　　

7、結(jié)果：①80例腹透液經(jīng)過(guò)血培養(yǎng)系統(tǒng)培養(yǎng)后，55例陽(yáng)性報(bào)警，使用Vitek2 Compact系統(tǒng)能將55例均鑒定到種水平，陽(yáng)性率為68.8%（55/80）；血平板培養(yǎng)8h后，55例標(biāo)本均長(zhǎng)出菌膜，MALDI-OF MS將50例成功鑒定到種水平，5例無(wú)鑒定結(jié)果，菌膜鑒定成功率為90.9%（50/55）。其中革蘭陽(yáng)性菌菌膜鑒定成功率為89.7%（35/39），革蘭陰性菌菌膜鑒定成功率為93.8%（15/16）。培養(yǎng)24 h后進(jìn)行MALDI-T

8、OF MS鑒定做為陽(yáng)性對(duì)照，其中55例菌膜均成功鑒定到種水平，鑒定結(jié)果與 Vitek2 Compact系統(tǒng)結(jié)果一致。②熒光定量 PCR鑒定腹透液標(biāo)本陽(yáng)性率為86.3%（69/80），與腹透液血培養(yǎng)陽(yáng)性率68.8%（55/80）相比，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（χ2=76，P=0.001）。熒光定量PCR與腹透液血培養(yǎng)鑒定法一致性為82.5%（66/80）。腹透液血培養(yǎng)常規(guī)鑒定法、培養(yǎng)8h菌膜MALDI-TOF MS鑒定方法和熒光定量PCR從標(biāo)本接

9、收到完成鑒定分別需要24～48h/例，10～20h/例，2～3h/例。
　　結(jié)論：腹透液血培養(yǎng)后，接種血平板培養(yǎng)8h，刮取菌膜進(jìn)行MALDI-TOF MS鑒定，該方法具有操作簡(jiǎn)單、快速且準(zhǔn)確的特點(diǎn)。熒光定量PCR方法與常規(guī)檢測(cè)方法相比，可以提高細(xì)菌檢出率，檢測(cè)腹膜炎細(xì)菌具有快速、準(zhǔn)確、靈敏的特點(diǎn)，適用于腹膜透析相關(guān)性腹膜炎病因的快速篩查與及時(shí)診斷。兩種方法均是實(shí)驗(yàn)室鑒定腹膜炎細(xì)菌的先進(jìn)、快速而準(zhǔn)確的選擇，各有利弊，研究者要根據(jù)實(shí)際