PCR-DGGE對(duì)六種淡水魚(yú)類(lèi)腸道菌群結(jié)構(gòu)的比較研究.pdf

1、隨著現(xiàn)代集約化和規(guī)模化水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展，應(yīng)激原的增多，導(dǎo)致水產(chǎn)動(dòng)物免疫力下降，對(duì)疾病的易感性大大增強(qiáng)。近年來(lái)，人們?cè)陴B(yǎng)殖水體和水產(chǎn)飼料中施用微生態(tài)制劑來(lái)改善養(yǎng)殖生態(tài)環(huán)境，提高水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物的免疫力，抑制病原微生物的繁殖，從而減少疾病的發(fā)生。微生態(tài)制劑大都是通過(guò)對(duì)腸道菌群施加影響而發(fā)揮作用的，因此，對(duì)動(dòng)物腸道菌群的了解是研究和開(kāi)發(fā)微生態(tài)制劑的先決條件。本文采用16S rDNA PCR-DGGE指紋圖譜技術(shù)比較分析集約化養(yǎng)殖的健康鳙和鰱、草魚(yú)

2、和團(tuán)頭魴、黃顙和鱖的腸道優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)，探討它們?cè)谀c道菌群組成上的差異，亦為澄清淡水魚(yú)腸道微生物區(qū)系及開(kāi)發(fā)可定植益生菌奠定基礎(chǔ)。 首先，本文采用解剖學(xué)方法將六種淡水魚(yú)的腸道按照魚(yú)類(lèi)解剖學(xué)特征分為前腸、中腸和后腸三段，然后參照修改后的Hoelzel等的方法進(jìn)行腸道微生物總DNA提取。其次，本文使用細(xì)菌16S rDNA-V3片段的特異性引物進(jìn)行腸道菌群總DNA的降落式PCR擴(kuò)增，然后進(jìn)行變性梯度凝膠電泳。最后，將DGGE圖譜中清晰的優(yōu)

3、勢(shì)性條帶標(biāo)記后割膠回收，并進(jìn)行克隆和測(cè)序。測(cè)序結(jié)果BLAST比對(duì)后，使用DNAMAN軟件構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。 對(duì)六種淡水魚(yú)腸道內(nèi)的細(xì)菌進(jìn)行DGGE指紋圖譜的多樣性分析，圖譜中的優(yōu)勢(shì)性條帶表明，淡水魚(yú)類(lèi)的腸道中存在著大量的細(xì)菌群落。分析16S rDNA的基因序列后發(fā)現(xiàn)，所得序列與gene bank中序列的相似度在96％-100％之間。 對(duì)鳙、鰱、草魚(yú)、團(tuán)頭魴、黃顙、鱖的腸道壁菌群進(jìn)行分析，研究發(fā)現(xiàn)：同種魚(yú)中前腸壁的細(xì)菌分布一般

4、比中腸壁和后腸壁少，在同一腸段中都是厭氧菌總數(shù)遠(yuǎn)大于好氧菌總數(shù)；不同魚(yú)種之間，腸壁的好氧菌總數(shù)差別比厭氧菌總數(shù)差別大得多。六種淡水魚(yú)類(lèi)腸道菌群的種類(lèi)和數(shù)量都具有從前腸至后腸逐漸增多的現(xiàn)象，它們腸道壁中的厭氧菌種類(lèi)和數(shù)量分布的規(guī)律是：肉食性的鱖和黃顙>食浮游動(dòng)植物為主的鳙和鰱>草食性的草魚(yú)和團(tuán)頭魴，即魚(yú)類(lèi)腸道壁中的厭氧菌總數(shù)和雙歧桿菌的數(shù)目隨著其從草食性向肉食性的發(fā)展而逐漸增加。乳酸菌是魚(yú)類(lèi)中腸道菌群的重要組成部分，魚(yú)類(lèi)腸道的菌群組成結(jié)構(gòu)

5、隨著魚(yú)的種類(lèi)、食性、生長(zhǎng)的環(huán)境的不同而呈現(xiàn)出差異。 結(jié)論： 1.16S rDNA PCR-DGGE技術(shù)是一種快速有效的研究淡水魚(yú)類(lèi)腸道菌群群落生態(tài)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)。 2.淡水魚(yú)體內(nèi)腸菌組成結(jié)構(gòu)隨著魚(yú)種類(lèi)不同而呈現(xiàn)出差異，種類(lèi)和數(shù)量具有從前腸至后腸逐漸增多的現(xiàn)象，并且厭氧菌總數(shù)大于好氧菌總數(shù)。 3.淡水魚(yú)體內(nèi)腸菌組成與不同的食物來(lái)源有關(guān)，魚(yú)類(lèi)腸壁中的厭氧菌總數(shù)和雙歧桿菌的數(shù)目隨著其從草食性向肉食性的發(fā)展而逐漸增加