竹子LINEs、Ty3-gypsy類轉(zhuǎn)座子的克隆、鑒定及特性分析.pdf

1、反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子普遍存在于植物界中,因其復(fù)制/粘貼的轉(zhuǎn)座機(jī)制對基因組的進(jìn)化起了重要作用。結(jié)合分子生物學(xué)手段和生物信息學(xué)相關(guān)知識,本研究主要分析和鑒定了LINEs反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的特性及LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)和特性,并通過轉(zhuǎn)擬南芥來觀察LTR轉(zhuǎn)座子的活性。
　　1.從菲白竹、龜甲竹和毛竹中克隆到45條LINEs的反轉(zhuǎn)錄酶片段,它們的長度大約都在407-446bp之間。通過同源比對發(fā)現(xiàn),在核苷酸序列中它們的同源性不高,而在氨基酸比對中,Do

2、mainII、DomainIII及 DomainIV區(qū)域比較保守。將氨基酸構(gòu)建系統(tǒng)樹發(fā)現(xiàn),親緣關(guān)系遠(yuǎn)的物種的LINEs的反轉(zhuǎn)錄酶片段部分序列同源性反而近,如叢生竹--菲白竹sf-2與散生竹--毛竹pp-29聚為一類,極有可能是因?yàn)長INEs轉(zhuǎn)座子通過某種方式進(jìn)行橫向傳遞。
　　2.從毛竹中擴(kuò)增到一個(gè) LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子--Ph-LTR1。其全長有5350bp,編碼1534個(gè)氨基酸,其中包括gag基因、RT基因、RH基因和int基因

3、。從它的基因結(jié)構(gòu)排序可以鑒定屬于Ty3-gypsy類轉(zhuǎn)座子。在毛竹中找到與其同源性較高的元件,并對其進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)大部分序列存在基因片段的缺失,初略地說明毛竹基因組在進(jìn)化過程中引起 Ph-LTR1轉(zhuǎn)座子逐漸丟失一些元件而使序列逐漸變短,同時(shí)元件會(huì)自主地保留相對重要保守區(qū)域。從插入時(shí)間的估算上看,Ph-LTR1轉(zhuǎn)座子是比較年輕的轉(zhuǎn)座子,很有可能具有潛在活性。
　　3.通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)的浸花法將構(gòu)建好的植物表達(dá)載體pC1301-LT