茄子反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子基因片段的克隆及IRAP分子標記體系的建立.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、植物反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子具有存在廣泛、高拷貝數(shù)、插入位點專一性等特點,可用于研究植物基因組的組成、表達調(diào)控、基因組進化、系統(tǒng)發(fā)育及生物多樣性等。本研究以茄子(Solanum melongena L.)為試材,克隆茄子反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的基因片段,能為茄子的基因組研究及基于反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分子標記在茄子上的應用創(chuàng)造條件;從PCR反應體系和擴增程序環(huán)節(jié)對反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子位點間擴增多態(tài)性(inter-retrotransposon amplified polym

2、orphism,IRAP)分子標記體系進行優(yōu)化,建立適合于茄子的IRAP分子標記體系,為茄子親緣關系分析和基因作圖等打下基礎。主要結(jié)果如下: 1.根據(jù)馬鈴薯(Solanum demissum)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子gag-pol聚合蛋白的部分序列并參考已報道的其它植物反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子結(jié)構特征,設計一對引物,從西安綠茄基因組中克隆得到約518bp的片斷。通過用GenBank中的BLAST程序分析表明,所克隆的片段與馬鈴薯反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子gag-po

3、l聚合蛋白90aa~243aa區(qū)域氨基酸同源性為43﹪,據(jù)此推斷該片段與茄子反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的gag-pol聚合蛋白編碼相關。 2.為確保茄子IRAP反應結(jié)果的穩(wěn)定性和重復性,本研究對影響茄子IRAP反應的退火溫度、PCR反應循環(huán)數(shù)、MgCl<,2>、dNTPs、Taq酶、引物、模板濃度等重要因素進行了初步研究。最終優(yōu)化的茄子IRAP分子標記體系為:20μl反應液中,10X反應buffer(100mmol/L/Tris-HCI,10

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