種間雜交來源的甘藍型油菜TH RIL群體遺傳圖譜中反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子分子標記的定位與分布分析.pdf

1、反轉(zhuǎn)座子是植物基因組內(nèi)含量非常豐富的一類重復(fù)序列。反轉(zhuǎn)座子受到組織培養(yǎng)、種間雜交等過程的激活發(fā)生反轉(zhuǎn)座可能導(dǎo)致擴增基因組大小，改變基因組結(jié)構(gòu)等作用。本實驗室通過人工雜交方式構(gòu)建了一個隨機導(dǎo)入白菜型等位基因的甘藍型油菜重組自交系（TH RIL）群體中，該群體表現(xiàn)出一定的種間雜種優(yōu)勢。這個種間雜交過程有可能對基因組產(chǎn)生重大的沖擊作用，造成基因組結(jié)構(gòu)的巨大變化，因此種間雜交來源的甘藍型油菜基因組可能表現(xiàn)出與普通甘藍型油菜基因組的明顯差異。本研

2、究將反轉(zhuǎn)座子作為研究對象，分析種間雜交來源的甘藍型油菜基因組內(nèi)反轉(zhuǎn)座子的特點。研究內(nèi)容如下：
　　 1.根據(jù)白菜測序過程中公布的序列信息搜索反轉(zhuǎn)座子序列，然后根據(jù)反轉(zhuǎn)座子保守的結(jié)構(gòu)域設(shè)計了37條基因組非著絲粒區(qū)反轉(zhuǎn)座子（簡稱RT-nC）引物。與此同時，本實驗室同學(xué)利用一個白菜著絲粒BAC（AC166739）中著絲粒保守的反轉(zhuǎn)座子和重復(fù)單元設(shè)計了用于擴增著絲粒區(qū)特異反轉(zhuǎn)座子（簡稱RT-C）的引物，本研究從中選擇了12對。然后利用三

3、種基于反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分子標記技術(shù)（SSAP，IRAP，REMAP），擴增了326個多態(tài)性的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子分子標記（其中248個RT-nC標記，78個RT-C標記），簡稱RT標記。利用作圖軟件joinmap4.0最后將192個多態(tài)性RT標記定位在TH RIL群體由骨架遺傳圖譜上，該骨架圖譜由408個SSR標記和21個IBAP標記構(gòu)建。其中41.1％的反轉(zhuǎn)座子標記中標記符合1：1的單基因理論分離比。
　　 2.通過分析白菜親本來源的等

4、位片段含量來評價TH RIL群體后代中白菜型外源含量導(dǎo)入的效率，發(fā)現(xiàn)：RT-nC引物擴增的多態(tài)性帶中有20.3％的等位基因由白菜型油菜親本貢獻，RT-C引物擴增的多態(tài)性帶中有17.9％的等位基因由白菜型油菜親本貢獻。對其中58個由白菜型油菜親本貢獻的白菜型等位基因在每個后代株系出現(xiàn)的頻率發(fā)現(xiàn)，每個單株后代分別能擴增出15條-40條的白菜型片段，平均每個單株擴增25.8條；每個白菜型等位片段在群體內(nèi)出現(xiàn)的頻率在10.2％-86.7％之間，

5、平均值為45.6％，其中近一半的白菜型等位片段在新型甘藍型油菜中的含量超出平均值。
　　 3.本研究構(gòu)建的遺傳圖譜中除了A5，C4，C6，C7外，其余的15條新型甘藍型油菜遺傳連鎖圖譜上都定位了RT標記，其中最為豐富的是A1，A4，A8和A9。其中A1，A4，A9連鎖群上RT標記均勻分布在整個連鎖群上，A2，A3，A6，A8，A10連鎖群上的RT標記主要集中在連鎖群的兩端，而A7連鎖群上的RT標記傾向于在染色體一端聚集。A1，A

6、4和．A8是RT-nC標記富集的連鎖群，本實驗中A4連鎖群上的RT-nC標記彌散分布于整個連鎖群，A8連鎖群在兩端形成兩個RT-nC標記富集區(qū)。
　　 4.比較親本和后代間擴增的RT標記的多少發(fā)現(xiàn)，甘藍型油菜親本擴增帶數(shù)超過白菜型親本，而所有138個后代株系擴增出的多態(tài)性帶數(shù)目都高于白菜型親本，其中25.4％后代株系擴增的反轉(zhuǎn)座子帶數(shù)均超出兩親本的擴增代數(shù)，說明這些后代株系中發(fā)生了反轉(zhuǎn)座子拷貝數(shù)增加的過程。
　　 最后在