甘藍(lán)型油菜MAGIC群體的遺傳結(jié)構(gòu)分析及應(yīng)用.pdf

1、油菜在我國(guó)是具有傳統(tǒng)優(yōu)勢(shì)的重要油料作物。油菜產(chǎn)量、品質(zhì)性狀及其他重要農(nóng)藝性狀的遺傳基礎(chǔ)解析一直是育種家們研究的重點(diǎn)方向。傳統(tǒng)的雙親作圖群體及自然群體在油菜優(yōu)質(zhì)基因發(fā)掘及遺傳分析中已有廣泛應(yīng)用。MAGIC群體，即多親本高代互交群體(Multi-parent Advanced Generation Inter-cross)，是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的新一代遺傳作圖及育種群體，目前還沒(méi)有關(guān)于其構(gòu)建和利用的報(bào)道。本研究利用SSR標(biāo)記對(duì)一個(gè)包括545個(gè)株

2、系的甘藍(lán)型油菜MAGIC群體進(jìn)行了群體遺傳多樣性分析及遺傳距離聚類(lèi)分析;在此基礎(chǔ)上選取了由204個(gè)株系組成的MAGIC子群體，利用60K基因芯片對(duì)其進(jìn)行了群體連鎖不平衡分析和品質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析。主要研究結(jié)果如下:
　　1.用60對(duì)SSR標(biāo)記分析MAGIC的遺傳多樣性，共擴(kuò)增261個(gè)等位基因，平均每個(gè)位點(diǎn)4.35個(gè)。每個(gè)標(biāo)記擴(kuò)增到的等位基因數(shù)為2～8個(gè)不等，其中擴(kuò)增等位基因數(shù)為4的標(biāo)記占比最大，為38.33％。SSR標(biāo)記的PIC值均

3、值為0.48。
　　2.MAGIC群體親本間、系群間以及系群內(nèi)遺傳距離分析發(fā)現(xiàn)，親本間遺傳距離＞系群間遺傳距離＞系群內(nèi)遺傳距離?；谌诌z傳距離分析的結(jié)果，從每個(gè)系群中篩選出遺傳距離總和為系群內(nèi)最大的3～4株系組成一個(gè)包含204個(gè)株系MAGIC子群體進(jìn)行后續(xù)試驗(yàn)。
　　3.采用60K芯片對(duì)MAGIC子群體及8親本進(jìn)行基因型分析。在剔除雜合率大于20％的SNP10979個(gè)以及MAF小于0.05的SNP位點(diǎn)5997個(gè)后，將剩余下

4、的SNP位點(diǎn)比對(duì)到甘藍(lán)型油菜參考基因組上，得到染色體位置清晰的16583 SNP。
　　4.用上述16583 SNP對(duì)MAGIC子群體進(jìn)行遺傳多樣性的分析發(fā)現(xiàn)，全基因組范圍內(nèi)，SNP的PIC均值為0.40，其中A基因組PIC均值為0.39，C基因組PIC均值為0.41，略高于A基因組，PIC＞0.3的SNP有12785個(gè)，占總標(biāo)記數(shù)的77.1％。
　　5.對(duì)MAGIC群體的連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)，從整體來(lái)看，MAGIC群體中r2

5、衰減到0.20的物理距離約為4Mb。亞基因組A和C的LD衰減情況有明顯差異。其中，亞基因組A衰減速度較亞基因組C快，亞基因組A物理距離～700 Kb，r2衰減到0.2，～2.1 Mb，r2衰減到0.1;而亞基因組C上，r2衰減到0.2的距離為6.6 Mb，～7.7Mb時(shí)r2達(dá)到0.1。
　　6.關(guān)聯(lián)分析共鑒定到17個(gè)與芥酸含量相關(guān)的SNP，A8位點(diǎn)峰值SNP Bn-A08-p12814556離BnaA.FAE1只有385 Kb;鑒