基于oncomine和qPCR篩選高度鱗狀上皮內(nèi)病變相關(guān)基因.pdf

1、目的：利用Oncomine數(shù)據(jù)庫篩選在宮頸鱗癌患者中高表達(dá)的基因，用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction，qPCR)技術(shù)比較這些基因在高度鱗狀上皮內(nèi)病變(HSIL)患者中的表達(dá)情況，尋找表達(dá)異常的基因，探索與早期宮頸癌相關(guān)的基因。
　　方法：利用Oncomine數(shù)據(jù)庫挖掘在宮頸鱗癌中高表達(dá)的基因，加權(quán)計(jì)算后，重新排序，篩選出表達(dá)

2、差異顯著的基因;選擇本地區(qū)12例高度鱗狀上皮內(nèi)病變(HSIL)病人，均行宮頸錐切術(shù)治療，在已切下的宮頸組織中，分別選擇病變組織和正常的宮頸組織，分別提取組織中的RNA，逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，采用qPCR技術(shù)檢測，以公式:2ΔΔCt=2ΔCt病變組織/2ΔCt正常組織（Ct值是指反應(yīng)時(shí)收集的實(shí)時(shí)熒光強(qiáng)度達(dá)到設(shè)定閾值時(shí)所經(jīng)歷的擴(kuò)增循環(huán)數(shù)）計(jì)算各基因表達(dá)的差異倍數(shù)，并用配對t檢驗(yàn)，對比其在宮頸鱗癌病人中的表達(dá)。
　　結(jié)果：在Oncomine

3、數(shù)據(jù)庫中挖掘出8個(gè)(MMP1，SPP1，APOC1，MMP12，NEK2，ECT2， IDO1，HELLS)在宮頸鱗癌病人中高表達(dá)的基因;在HSIL病人中，通過qPCR技術(shù)檢測及數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析后，發(fā)現(xiàn)有7個(gè)在宮頸鱗癌中高表達(dá)的基因(MMP1，SPP1，APOC1，MMP12，ECT2， IDO1，HELLS)，在HSIL病人中同樣呈高表達(dá)，差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.05)，只有一個(gè)基因(NEK2)在本次實(shí)驗(yàn)的HSIL病人中表達(dá)無差異。<