紅鯽（Carassius auratus red variety）Sox基因的研究.pdf

1、南華大學碩士學位論文紅鯽（Carassiusauratusredvariety）Sox基因的研究姓名：龍黎南申請學位級別：碩士專業(yè)：生物化學與分子生物學指導教師：鄭濟芳200705011紅鯽紅鯽(Carassiusauratusredvariety)Sox基因的研究基因的研究中文摘要中文摘要第一部分第一部分紅鯽紅鯽Sox基因的克隆與序列分析基因的克隆與序列分析目的目的進一步理解魚類Sox基因的進化，推測紅鯽與斑馬魚的分化時間，了解紅鯽的

2、起源。方法方法根據(jù)脊椎動物Sox基因HMG盒保守區(qū)的氨基酸序列，設計兩對兼并引物，以紅鯽基因組DNA為模板進行PCR擴增，對擴增產(chǎn)物進行亞克隆和測序，并對獲得的序列進行同源性比較和系統(tǒng)進化樹分析。結(jié)果結(jié)果(1)從紅鯽基因組DNA中克隆和測序了9個Sox基因HMG盒序列，分別命名為Sox11、Sox12、Sox13、Sox41、Sox42、Sox9、Sox11b11、Sox11b12和Sox11b2。(2)Sox11、Sox12和Sox1

3、3編碼相同的氨基酸序列，然而，在核苷酸水平，紅鯽Sox11與斑馬魚Sox1a基因的同源性最高（96.1%），Sox12和Sox13與斑馬魚Sox1b基因的同源性最高（分別為95.1%和95.5%）；系統(tǒng)進化樹分析顯示，紅鯽Sox11與斑馬魚Sox1a聚在一起，Sox12和Sox13與斑馬魚Sox1b聚在一起。(3)Sox41與Sox42的氨基酸序列相似性為98.1%，均與小鼠Sox4的同源性最高，分別為88.9%和90.7%。(4)So

4、x11b11和Sox11b12編碼相同的氨基酸序列。系統(tǒng)進化樹分析顯示，紅鯽Sox11b1和Sox11b2基因與斑馬魚Sox11b基因聚在一起，而遠離斑馬魚Sox11a基因。(5)基于真骨魚Sox1、Sox9和Sox11基因核苷酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹顯示，Sox1、Sox9和Sox11基因的復制時間發(fā)生在紅鯽、斑馬魚、河豚、鱸魚及麗體魚的分化之前。(6)以Sox1、Sox9和Sox11基因為分子鐘標記，推測紅鯽（分類于鯉形目，鯉科，鯽屬

5、）與斑馬魚（分類于鯉形目，鯉科，魚丹屬）的分化時間大約發(fā)生在8107年前。結(jié)論結(jié)論(1)Sox1、Sox4和Sox11b基因在紅鯽中發(fā)生了復制，首次報道魚類的Sox11b基因有2個平行同源基因。(2)在魚類某些物種的進化過程中，可能發(fā)生了Sox11基因的復制、丟失與分化。(3)支持“魚類Sox基因的復制時間發(fā)生在真骨魚分化之前”的觀點。(4)紅鯽（分類于鯉形目，鯉科，鯽屬）與斑馬魚（分類于鯉形目，鯉科，魚丹屬）的分化時間大約發(fā)生在810