內(nèi)源性虎皮鸚鵡嗜肝DNA病毒“化石”的發(fā)現(xiàn)及其性質(zhì)的初步研究.pdf

1、內(nèi)源性病毒片段是古代病毒感染宿主后遺留在宿主基因組并隨之穩(wěn)定遺傳的古代病毒基因組片段?？脊挪《緦W(xué)的主要目的是研究古代存活、現(xiàn)在滅絕的病毒對(duì)現(xiàn)存宿主基因組的影響。目前在哺乳動(dòng)物中尚未發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性嗜肝DNA病毒片段，但在斑胸草雀等鳥(niǎo)類(lèi)中發(fā)現(xiàn)了內(nèi)源性嗜肝DNA病毒片段。然而這些片段都較短不足以恢復(fù)古代嗜肝DNA病毒的任何一個(gè)基因或元件。
　　本研究使用嗜肝DNA病毒科13種代表病毒株的聚合酶(Pol)氨基酸序列進(jìn)行tBLASTn比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)

2、中157種后生動(dòng)物基因組。首次在虎皮鸚鵡基因組中檢測(cè)到陽(yáng)性信號(hào)。因?yàn)楝F(xiàn)存鸚鵡乙肝病毒(PHBV)的Pol氨基酸序列在初次篩選中獲得最好匹配，隨后對(duì)虎皮鸚鵡基因組序列使用PHBV的Pol和PreC/C的氨基酸序列進(jìn)行再次tBLASTn分析，在虎皮鸚鵡基因組的49個(gè)重疊群中發(fā)現(xiàn)61條內(nèi)源性嗜肝DNA病毒片段，命名為內(nèi)源性虎皮鸚鵡乙肝病毒片段(eBHBV)。
　　絕大部分eBHBV序列只包含不完整病毒基因組片段，但其中兩條eBHBV接近

3、和超過(guò)病毒基因組全長(zhǎng)序列:eBHBV1全長(zhǎng)約3.9 kb，包含1.3拷貝基因組全長(zhǎng)序列，兩端為Pol和PreC/C冗余序列;eBHBV2全長(zhǎng)約3.1 kb，包含約1.0拷貝基因組全長(zhǎng)序列，兩端為PreC/C。通過(guò)PCR克隆測(cè)序和Southern雜交驗(yàn)證了虎皮鸚鵡基因組中確實(shí)包含eBHBV1和eBHBV2。
　　根據(jù)現(xiàn)存嗜肝DNA病毒復(fù)制模型，Pol的TP蛋白、epsilon包裝信號(hào)和DR序列對(duì)病毒的復(fù)制極為關(guān)鍵，有趣的是在eBHB

4、V1和eBHBV2中這些元件得到保留。
　　系統(tǒng)發(fā)生分析表明，eBHBV1和eBHBV2與所有現(xiàn)存禽嗜肝DNA病毒相比，已經(jīng)成為一個(gè)獨(dú)立的進(jìn)化分支，但與斑胸草雀中的內(nèi)源性嗜肝DNA病毒片段(eZHBVj)相比，eBHBV1和eBHBV2與所有現(xiàn)存禽嗜肝DNA病毒之間親緣關(guān)系更近，意味著古代虎皮鸚鵡嗜肝DNA病毒(BHBV)可能同現(xiàn)存禽嗜肝DNA病毒擁有共同祖先。
　　通過(guò)對(duì)eBHBV1中0.3拷貝直接重復(fù)序列的遺傳距離進(jìn)行分

5、析，可以推測(cè)出eBHBV1整合到虎皮鸚鵡基因組中約為250-500萬(wàn)年。這比之前認(rèn)為的現(xiàn)存禽嗜肝DNA病毒共同祖先小于6000年要早得多。通過(guò)PCR克隆測(cè)序和Southern雜交在虎皮鸚鵡近親物種黑冠吸蜜鸚鵡的基因組中沒(méi)有檢測(cè)到eBHBV的直系同源序列，因而可以認(rèn)為eBHBV的最大整合年齡不超過(guò)兩個(gè)物種的分歧時(shí)間即1400萬(wàn)年。
　　體外細(xì)胞水平的研究發(fā)現(xiàn)eBHBV1和eBHBV2具有轉(zhuǎn)錄活性。而在虎皮鸚鵡肝組織內(nèi)也能檢測(cè)到eBH