廣西豬流行性腹瀉病毒S基因和N基因序列分析.pdf

1、豬流行性腹瀉由豬流行性腹瀉病毒(porcine epidemic diarrhea Virus,PEDV)感染引起的腸道疾病,患病仔豬主要表現(xiàn)嘔吐、水樣腹瀉和脫水。為了解廣西區(qū)PEDV流行情況,掌握當(dāng)前PEDV的遺傳進(jìn)化特點(diǎn),為更好防控該疾病提供科學(xué)依據(jù)。本研究應(yīng)用RT-PCR方法對(duì)2012年至2013年廣西地區(qū)發(fā)生腹瀉豬群進(jìn)行檢測(cè),共檢測(cè)506份樣品其中184份為PEDV陽(yáng)性并選取其中86份樣品N基因和41株病毒的S基因進(jìn)行克隆測(cè)序。

2、PEDV的N基因序列分析表明,86株P(guān)EDV的N基因核苷酸同源性為94.2％-100%,與參考毒株核苷酸同源性為94.1%-100%。N基因遺傳進(jìn)化分析顯示廣西的PEDV可分為2個(gè)群,Cluster2由韓國(guó)株DR13、日本株83P-5、中國(guó)株CH/S以及本研究的GP35-8、LC37-22、LC107-5、LC107-19和LC107-16毒株組成,其他81株毒株屬于Cluster3,包括中國(guó)株DX、LJB-03、HuN、JS-2004

3、-2;Cluster1和Cluster4則是其它參考毒株組成。
　　廣西PEDV41株分離株S基因大小不一,其中25株由4161個(gè)核苷酸組成,9株由4158個(gè)核苷酸組成,4株由4149個(gè)核苷酸組成,4176個(gè)、4164個(gè)和4140個(gè)核苷酸組成各1株;分別編碼1387、1386、1383、1392、1388、1380個(gè)氨基酸。廣西41株P(guān)EDV的S基因之間核苷酸同源性94.8%-100%,推導(dǎo)的氨基酸同源性為94.1%—100%;與

4、國(guó)內(nèi)外參考毒株核苷酸同源性為89.3%-99.4%,推導(dǎo)的氨基酸同源性為91.1%-99.4%。PEDV的S基因進(jìn)化樹(shù)圖譜顯示,可分為3個(gè)譜系,本研究中的LC55-9、LC55-5、GP35-7和GP35-8等4株與參考株歐洲株CV777、attenuated-DR13屬于Cluster1;另外37株屬于 Cluster3,包含中國(guó)株 CH8、CHGD-01、HuN、韓國(guó)株 Spk1和SM98、日本株NK和KH參考株;而Cluster2

5、只含韓國(guó)株Chinjiu99和KPED-9、日本株83P-5和MK、中國(guó)株 LJB-03、JS-2004-2、DR13、LZC和歐洲株Brl-87參考株?？乖砦慌c中國(guó)疫苗株CV777比較分析顯示,S1功能區(qū)的5個(gè)線性抗原表位、中和表位S1D和受體結(jié)合域MRR氨基酸突變比較多:S1P1(248～280aa)33個(gè)aa有8個(gè)突變;S1P2(442-499aa)58個(gè)aa有8個(gè)突變;S1P3(697～742aa)46個(gè)aa有7個(gè)突變;SS5

6、(748～755aa)7個(gè)aa中1株有1個(gè)突變;SS6(764-771aa)7個(gè) aa有1個(gè)突變,比較保守;S1D(636-789aa)153個(gè)aa有18個(gè)突變;MRR(248～529aa)280個(gè)aa有54個(gè)突變。S蛋白N-糖基化位點(diǎn)有27-29個(gè),存在N-糖基化位點(diǎn)的增加、缺失或替換。廣西株12處N-糖基化位點(diǎn)發(fā)生變化,8處N-糖基化位點(diǎn)被破壞,5處N-糖基化位點(diǎn)增加一個(gè)。
　　本研究結(jié)果表明,廣西大部分毒株S基因與歐洲株CV