HSP基因診斷平臺的建立和新的HSP致病基因定位的初步研究.pdf

1、背景:遺傳性痙攣性截癱(hereditary spastic paraplegia,HSP orSPG)可呈常染色體顯性遺傳(autosomal dominant hereditary spasticparaplegia,AD-HSP)、常染色體隱性遺傳(autosomal recessivehereditary spastic paraplegia,AR-HSP)、X連鎖遺傳及散發(fā)。目前已經(jīng)克隆了AD-HSP相關(guān)致病基因10個,這為A

2、D-HSP基因診斷平臺建立奠定了理論基礎(chǔ)。前期工作中我們通過PCR結(jié)合DNA直接測序法、多重連接探針擴(kuò)增法(Multiplex ligation-dependent Probe amplification.MLPA)對51例AD-HSP家系先證者行SPG4基因及SPG3A基因突變分析,診斷SPG4患者20例、SPG3A患者1例,仍有30例AD-HSP家系基因型不明確。
　　 目的:通過對中國漢族人群AD-HSP患者進(jìn)行SPG4基

3、因、SPG3A基因、REEP1基因(SPG31)、KIF5A基因(SPG10)、NIPA1基因(SPG6)和SLC33A1基因(SPG42)的突變篩查,探討AD-HSP各亞型在中國漢族人群中的突變頻率,建立AD-HSP基因診斷平臺并規(guī)范AD-HSP基因診斷流程。
　　 方法:本研究擬采用PCR結(jié)合DNA直接測序法,對30例AD-HSP家系先證者進(jìn)一步進(jìn)行REEP1基因、KIF5A基因、NIPA1基因和SLC33A1基因突變分析,

4、建立中國AD—HSP人群基因診斷平臺。
　　 結(jié)果:在30例AD-HSP家系先證者中:發(fā)現(xiàn)1例AD-HSP家系先證者存在NIPA1基因的c.316G>C/p.G106R致病突變,證實(shí)該家系為SPG6亞型；本組中未發(fā)現(xiàn)REEP1基因、KIF5A基因、SLC33A1基因的致病突變；發(fā)現(xiàn)KIF5A基因的c.355C>G/p.E119Q、c.1157+50T>G、c.2239-123T>C三個新的單核苷酸多態(tài)(singlenucleot

5、ide polymorphisms,SNPs),SLC33A1基因的c.847G>A/p.Q283H、c.1266+68A>G、c.1148+139A>G三個新的SNPs；結(jié)合前期的工作,本組病例中SPG4亞型最常見(突變率39.22％),次之為SPG3A亞型(突變率1.96％),再次為SPG6亞型(突變率1.96％),SPG31亞型(突變率0％)和SPG42亞型(突變率0％)少見,SPG10亞型(突變率0％)罕見。
　　 結(jié)論

6、:本研究發(fā)現(xiàn)中國漢族人群AD-HSP家系中,SPG4亞型最常見,次之為SPG3A亞型,再次為SPG6等亞型；進(jìn)一步證實(shí)了NIPA1基因的G106R位點(diǎn)為該基因的突變熱點(diǎn)；初步建立了AD-HSP基因診斷平臺,制定了AD-HSP基因診斷流程；發(fā)現(xiàn)了KIF5A基因三個新的SNPs,SLC33A1基因三個新的SNPs。
　　 背景:目前分子遺傳學(xué)研究已經(jīng)克隆了AR-HSP相關(guān)致病基因8個,這為AR-HSP基因診斷平臺建立奠定了理論基礎(chǔ)。

7、
　　 目的:通過對中國漢族人群AR-HSP患者進(jìn)行KIAA1840基因(SPG11)、ZFYVE26基因(SPG15)、CYP7B1基因(SPG5)和Paraplegin基因(SPG7)的突變篩查,探討AR-HSP各亞型在中國漢族人群中的突變頻率,規(guī)范AR-HSP基因診斷流程并建立AR-HSP基因診斷平臺。
　　 方法:本研究擬采用PCR結(jié)合DNA直接測序法,對34例中國漢族AR-HSP家系先證者進(jìn)行KIAA1840基

8、因、ZFYVE26基因、CYP7B1基因和Paraplegin基因突變分析,建立AR-HSP基因診斷平臺。
　　 結(jié)果:在34例AR-HSP家系先證者中:確診了11例SPG11患者,共攜帶16種KIAA1840新的致病突變,突變率32.35％:c.5977C>T/p.Q1993x,c.4668T>A/p.Y1556X,c.6896_68979delCT/p.L2300AfsX2338,c.3719_3720delTA/p.112

9、40VfsX263,c.733_734delAT/p.M245VfsX246,c.7088_7089insATTA/p.Y2363X,c.2163_2164insT/p.1722YfsX731,c.7101_7102insT/p.K2368X,c.6790_6791insC/p.L2264PFSX2339,c.654_655delinsG/p.S218RfsX219,.7151+4_7151+7delAGTA/p.K2384fsX238

10、6,c.3004C>T/p.G1002X,c.6478+1G>T,c.3662_3665delTCAA/p.I1221RfsX1230,c.1755_1758delAGCA/p.P585PfSX623和c.29832984delTA/p.L934LfsX1010;未發(fā)現(xiàn)ZFYVE26基因、CYP7B1基因、Paraplegin基因致病突變；發(fā)現(xiàn)KIAA1840基因一個新的 SNP c.2244+17T>A,ZFYVE26基因一個新的 S

11、NPc.2301C>T/p.P767S/p.P767T,Paraplegin基因三個新的SNPsc.578A>G/p.K193G、c.2066G>A/p.R689H、c.2181+20G>A。
　　 結(jié)論:本研究證實(shí)中國漢族人群AR-HSP家系中,SPG11亞型最常見,初步建立了AR-HSP基因診斷平臺規(guī)范了AR-HSP基因診斷流程；發(fā)現(xiàn)了KIAA1840基因的一個新的SNP,ZFYVE26基因的一個新的SNP,Parapleg

12、in基因的三個新的SNPs。
　　 背景:在前面的工作中,我們對51個AD-HSP家系進(jìn)行SPG3A、SPG4、SPG6、SPG31、SPG10、SPG42各亞型的相關(guān)致病基因的突變檢測,有29個AD-HSP家系排除了以上致病基因的致病突變。其中一個來自湖南的、三代發(fā)病的AD-HSP家系,可以進(jìn)行該家系的致病基因定位研究。
　　 目的:采用新的技術(shù),初步定位該AD-HSP家系的致病基因位點(diǎn)。
　　 方法:通過采用

13、HumanLinkage-12 Panels連鎖分析芯片技術(shù),對該AD-HSP家系SNP位點(diǎn)進(jìn)行掃描,初步定位該家系的致病基因位點(diǎn)。
　　 結(jié)果:初步研究發(fā)現(xiàn)在SNP位點(diǎn)rs295367至rs10756間相應(yīng)的LOD值呈正態(tài)分布,且在rs10426848位點(diǎn)上有最高LOD值2.10,提示該AD-HSP家系的致病基因位于19號染色體上。進(jìn)入UCSC數(shù)據(jù)庫后確定相應(yīng)區(qū)間為19號染色體著絲粒附近19p12-q12區(qū)間。經(jīng)外顯子重測序技