豬LMP2、LMP7和MECL-1基因的分子特征及與免疫性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、本研究通過電子克隆和RT-PCR首次獲得了豬LMP2、MECL-1基因的全長cDNA序列，LMP2基因全長為903bp (GenBank注冊號：DQ295031)，含有一個661bp的完整開放閱讀框，編碼219個氨基酸。MECL-1基因序列全長985bp(GenBank注冊號：DQ444460)，包含一個822bp的開放閱讀框，編碼274個氨基酸。BLAST軟件進行同源性分析表明豬LMP2基因與人、小鼠、大鼠基因相似性分別為88.6％、

2、83.2％、80.1％；豬MECL-1基因序列與人、小鼠、牛的基因序列分別有82.6％、76.2％、89.2％的相似性。 通過Q-PCR和．RT-PCR定量方法，檢測了豬LMP2、MECL-1基因的組織表達譜，結(jié)果表明LMP2基因在心臟、肝臟、脾臟、腎臟、肺、小腸、胸腺、淋巴結(jié)、大腦9種組織中均表達，但在肌肉中無表達外；MECL-1基因在以上10種組織中均有表達。利用RH輻射雜交板將豬LMP2基因定位在豬7號染色體的7q1.1區(qū)

3、域，與微衛(wèi)星SW472緊密連鎖(LOD=8.71，47cR)；MECL-1基因定位在豬6號染色體上，與微衛(wèi)星SW1108緊密連鎖(LOD=4.09，84cR)。 將豬LMP2、LMP7基因cDNA序列在GenBank中比對，獲得了一個豬DNA序列克隆BX323833.4，比較分析后確定這兩個基因內(nèi)含子與外顯子的分界點，以兩端外顯子設(shè)計擴增內(nèi)含子的上下游引物，最終獲得了LMP2基因5090bp的基因組序列(GenBank注冊號：D

4、Q659151)和LMP7基因2995bp的基因組序列(GenBank注冊號：D0872631)。豬LMP2基因含有6個外顯子和5個內(nèi)含子，豬LMP7基因含有7個外顯子和6個內(nèi)含子。 本課題以長白豬(83)、大白豬(195)和松遼黑豬(89)共計367頭仔豬為研究對象，檢測了三群體在20日齡、35日齡的血常規(guī)、淋巴細胞亞群等免疫指標，并采用SSCP方法篩選了LMP2、LMP7兩基因所有外顯子及部分內(nèi)含子區(qū)域，期望尋找到影響這些免

5、疫性狀的單核苷酸多態(tài)性(SNPs)。結(jié)果共發(fā)現(xiàn)6個SNPs，其中5個為同義突變，1個為錯義突變。運用SAS軟件包中的混合模型對基因多態(tài)位點與免疫性狀的關(guān)系進行了統(tǒng)計分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)LMP7基因外顯子3上SNP位點(LMP7-3)與20日齡CD4<'->CD8<'+>相關(guān)顯著；LMP2基因外顯子5上SNP位點(LMP2-5)與35日齡CD4<'+>CD8<'+>、紅細胞平均體積、紅細胞壓積相關(guān)顯著；LMP2基因外顯子2上位點(LMP2-2)

6、與35日齡白細胞計數(shù)、單核細胞百分率、單核細胞百分率、紅細胞平均體積、紅細胞體積分布寬度；LMP7基因外顯子3上SNP位點(LMP7-3)與35日齡粒細胞含量、紅細胞計數(shù)相關(guān)顯著：LMP7基因內(nèi)含子6上SNP位點(LMP7-6)與35日齡紅細胞體積分布寬度相關(guān)顯著；LMP2-2與兩次測定的紅細胞平均體積籌值、紅細胞體積分布寬度差值相關(guān)顯著；LMP7-3與兩次測定的紅細胞計數(shù)差值、紅細胞體積分布寬度差值相關(guān)顯著；LMP7-6與兩次測定的紅