魚源無乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組分析及其毒力相關(guān)基因篩選和sRNA預(yù)測.pdf

1、無乳鏈球菌是革蘭氏陽性細(xì)菌，屬于B族鏈球菌（Group B Streptococcus, GBS），是引起我國南方地區(qū)羅非魚鏈球菌病的主要病原菌之一。近年來，羅非魚鏈球菌病頻繁發(fā)生，使我國水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)遭受了巨大的經(jīng)濟(jì)損失，因此，對無乳鏈球菌的防治和研究迫在眉睫。研究表明，無乳鏈球菌的毒力受到溫度的調(diào)控，在水溫超過35℃時能引起羅非魚鏈球菌病的暴發(fā)和流行。
　　為了研究篩選魚源無乳鏈球菌毒力相關(guān)基因，以不同溫度（25℃和37℃）下培養(yǎng)

2、的無乳鏈球菌ZQ0910為研究對象，將該菌在25℃和37℃下分別培養(yǎng)至對數(shù)生長期，然后對這兩個樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。通過對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析篩選無乳鏈球菌毒力相關(guān)基因和預(yù)測sRNA;并通過熒光定量PCR技術(shù)對篩選得到的毒力相關(guān)基因的表達(dá)水平進(jìn)行驗證;利用RT-PCR方法對預(yù)測的部分sRNA進(jìn)行驗證。其結(jié)果為研究魚源無乳鏈球菌的毒力基因功能及sRNA的調(diào)控機(jī)制提供了重要線索。具體研究內(nèi)容如下:
　　1.將25℃和37℃下分別培養(yǎng)的無乳鏈球

3、菌樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析，結(jié)果表明37℃樣本(Test)基因表達(dá)總數(shù)為1929條，25℃樣本(CK)基因表達(dá)總數(shù)是1935條。樣品間表達(dá)顯著差異基因總數(shù)為673條，顯著上調(diào)差異基因146條，顯著下調(diào)差異基因527條。Pathway富集分析表明，1215條基因注釋到KEGG的105條通路上，包含447個顯著性差異基因;其中顯著富集通路有40條，差異最顯著的通路包括代謝相關(guān)的通路、生物合成相關(guān)通路、修復(fù)相關(guān)通路和信號通路等。
　　2.

4、從無乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組中篩選到7個毒力相關(guān)基因，即cylI、cylA、cylK、cylJ、cylG、sodA和PI-2b。首先，對7個毒力相關(guān)基因克隆并進(jìn)行生物信息分析，然后，利用熒光定量PCR進(jìn)行驗證。結(jié)果顯示:7個毒力相關(guān)基因都能夠克隆到全長;7個基因的熒光定量結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的表達(dá)趨勢一致，只是相對表達(dá)量的倍數(shù)有所差異?？偟膩碚f，轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的可靠性較高。
　　3.從無乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組中預(yù)測到sRNA167條，對部分預(yù)測的sRN