多種虛擬篩選工具的比較研究及其組合運用.pdf

1、隨著計算技術(shù)的飛速發(fā)展和世界各地藥物的需要急劇增加，藥物研發(fā)已在過去60年里成為一個熱點問題。計算機輔助藥物設(shè)計(CADD)在藥物發(fā)現(xiàn)過程中起到了日益重要的作用。傳統(tǒng)的藥物篩選方法對于研究機構(gòu)和制藥公司來說難以負擔。所以，在計算機上的虛擬篩選經(jīng)常用于優(yōu)化高通量篩選實驗。這可以使藥物研發(fā)的成本壓低到一較低的水平。
　　分布式計算是指利用分布式系統(tǒng)來解決計算問題，其中的基本組件通信通過在分布式計算機傳遞消息來協(xié)調(diào)它們的行動。任務(wù)被分成

2、許多子任務(wù)，其中的每一個由一個或多個處理器解決。對于每個分布式作業(yè)有一個管理主機負責拆分工作，提交子任務(wù)和整合結(jié)果。依賴于程序，管理節(jié)點可以在本地主機上或在遠程主機上運行。硬件和軟件調(diào)試是在建立高通量虛擬篩選通道過程中重要的一環(huán)，其中計算節(jié)點的兼容性，數(shù)據(jù)同步，合并文件和簡便的腳本都是重要的因素。
　　適當?shù)剡x擇打分函數(shù)也是我們方法驗證的過程中遇到的問題。選擇了已知很多抑制劑的Aurora-A激酶和HDM-1內(nèi)酰胺酶等作為靶點來比

3、較分析各種各樣的篩選方法如Liga ndfit, GLIDE HTVS，GLIDE SP, GLIDE XP和Surflex，來說明基于分布式計算的虛擬篩選方法的合理性。Aurora-A，也被稱為絲氨酸/蘇氨酸-蛋白激酶6，是與細胞增殖和癌癥發(fā)展的調(diào)控相關(guān)的Aurora激酶家族的一個成員。HDM-1內(nèi)酰胺酶是是耐藥細菌針對內(nèi)酰胺類抗生素分泌的一類酶，使β-內(nèi)酰胺環(huán)裂解而被破壞，失去抗菌活性。
　　本文利用具有660萬分子的類藥分子