枯草芽孢桿菌高質(zhì)量代謝網(wǎng)絡(luò)的初步構(gòu)建.pdf_第1頁(yè)
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1、建立高質(zhì)量的微生物代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)是進(jìn)行代謝網(wǎng)絡(luò)定量分析和運(yùn)用代謝工程技術(shù)改良菌種的基礎(chǔ),更是從宏觀角度整體分析微生物的系統(tǒng)生物學(xué)的體現(xiàn)。目前國(guó)內(nèi)外的研究方法主要是結(jié)合各種相關(guān)互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息和書籍、文獻(xiàn)、專利以及實(shí)驗(yàn)事實(shí)和結(jié)果等對(duì)已有的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行不斷補(bǔ)充和完善或建立新的代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)。 枯草芽孢桿菌自被發(fā)現(xiàn)以來,一直在工業(yè)及醫(yī)藥領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用,對(duì)于該菌種的研究和改良也越來越多,但是對(duì)于其代謝網(wǎng)絡(luò)了解的不完善一直影響著研究的

2、進(jìn)行。為了使研究者更加清晰的了解枯草芽孢桿菌的代謝網(wǎng)絡(luò)并用以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)研究,本論文針對(duì)枯草芽孢桿菌,搜集了目前針對(duì)該菌研究最有權(quán)威的三個(gè)互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)KEGG、Subtilist和Expasy的基因組注釋信息和代謝反應(yīng)信息,利用VBA語(yǔ)言編程,以KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)為基準(zhǔn),將三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息分別按照BG no.和EC no.進(jìn)行比對(duì),使三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息互為補(bǔ)充,得到了完整的枯草芽孢桿菌基因組信息,并通過KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)提供的KO項(xiàng)以及大量的文獻(xiàn)查閱

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