基于CRISPR數(shù)據(jù)庫的病原菌菌株CRISPR結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、成簇的規(guī)律間隔短回文重復序列(Clustered regularly interspaced short palindromicrepeats，CRISPR)是大多數(shù)細菌和古菌在生存壓力下進化出的一套抵抗噬菌體干擾的防御系統(tǒng)。本研究首先根據(jù)VFDB、PHI-base和NMPDR病原菌數(shù)據(jù)庫確定了CRISPR數(shù)據(jù)庫中2612株細菌中的549株病原菌菌株。然后通過BLAST比對，對病原菌菌株和總菌株的CRISPR結(jié)構(gòu)中的間隔序列單元數(shù)和間隔

2、序列的來源進行了比較分析。最后通過clustalw、MEGA5.0軟件和RNAstructure網(wǎng)站，對在病毒數(shù)據(jù)庫中比對成功的50株病原菌菌株的109個CRISPR位點進行側(cè)翼序列的多序列對比和重復序列的RNA二級結(jié)構(gòu)預測。
　　對病原菌菌株和總菌株的CRISPR結(jié)構(gòu)中的間隔序列數(shù)量單元和間隔序列來源的比較分析結(jié)果顯示:病原菌菌株的CRISPR結(jié)構(gòu)和總菌株存在差異，具體表現(xiàn)為，含有CRISPR結(jié)構(gòu)的菌株在病原菌菌株中的比例為48

3、.5％，略高于總菌株中的比例;間隔序列的數(shù)量在總菌株和病原菌菌株中的差異顯著，病原菌菌株間隔序列分布情況均低于細菌的平均水平;病原菌菌株CRISPR結(jié)構(gòu)中病毒來源的間隔序列比質(zhì)粒來源所占比例大。
　　對50株病原菌菌株的109個CRISPR位點的側(cè)翼序列的多序列比對和RNA二級結(jié)構(gòu)預測結(jié)果顯示:可以將109個CRISPR位點分為5個組，但相同病原菌菌株不同CRISPR位點的側(cè)翼序列在進化中呈現(xiàn)不同的分組。同時也在側(cè)翼序列中找到一段