病原菌毒力因子數(shù)據(jù)分析平臺(tái)的設(shè)計(jì)與構(gòu)建.pdf

1、傳染病是公共衛(wèi)生安全的嚴(yán)重威脅之一，尤其是近年來(lái)新發(fā)再發(fā)傳染病不斷出現(xiàn)。盡管病毒性傳染病危害嚴(yán)重，細(xì)菌性傳染病依舊是不可忽視的問題。病原細(xì)菌的致病性是由它的毒力因子決定的，研究毒力因子不僅是闡明病原菌致病機(jī)制的關(guān)鍵，也是相關(guān)傳染病防控和干預(yù)的重點(diǎn)之一。本實(shí)驗(yàn)室于2004年自主構(gòu)建了國(guó)際上首個(gè)綜合性病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫(kù)(VFDB)。最初發(fā)布的數(shù)據(jù)庫(kù)收集了24個(gè)屬100多種重要醫(yī)學(xué)病原菌的毒力因子的組成、結(jié)構(gòu)、功能、致病機(jī)理、毒力島、基因組

2、信息等內(nèi)容。隨后分別于2008年與2012年先后兩次更新擴(kuò)充，進(jìn)一步引入了比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)集，以及不同病原菌同類毒力因子之間的遺傳多樣性和分子進(jìn)化關(guān)系等重要信息。
　　盡管三次發(fā)布的VFDB數(shù)據(jù)相互關(guān)聯(lián)，但是它們的數(shù)據(jù)集和用戶訪問界面都是相對(duì)獨(dú)立的。數(shù)據(jù)的冗余不利于后續(xù)進(jìn)一步的數(shù)據(jù)挖掘，界面的不統(tǒng)一也會(huì)給用戶的訪問帶來(lái)不便。因此，本研究從三個(gè)方面對(duì)VFDB進(jìn)行了改進(jìn)。首先，改進(jìn)了底層的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，去除了冗余數(shù)據(jù)，整理生成由已知毒力因

3、子構(gòu)成的核心數(shù)據(jù)集和包括所有潛在毒力因子的完整數(shù)據(jù)集。其次，對(duì)核心數(shù)據(jù)集中的所有毒力相關(guān)基因的注釋信息進(jìn)行了審核與精煉，提高了VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)質(zhì)量。最后，使用集成的Java Script框架ExtJS4.1創(chuàng)建了一個(gè)整合的、界面統(tǒng)一的病原菌毒力因子數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，提供多種在線數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析功能，既減輕了服務(wù)器端的壓力，又提升了用戶體驗(yàn)。
　　本研究工作不僅對(duì)VFDB的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)進(jìn)行了整合與優(yōu)化，去除了冗余，而且對(duì)核心數(shù)據(jù)集中的所有毒