蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)及折疊研究.pdf

1、本論文主要用粒子群算法對(duì)一些簡化模型的蛋白質(zhì)分子進(jìn)行了結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究。采用蒙特卡羅方法對(duì)一些蛋白質(zhì)分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)及小分子蛋白進(jìn)行了動(dòng)力學(xué)結(jié)構(gòu)計(jì)算。首先對(duì)蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)及氨基酸構(gòu)成作了簡單的介紹，對(duì)蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)及其折疊研究的思路和方法作了綜述，展望了其研究前景。對(duì)于粒子群及蒙特卡羅兩種算法作了詳細(xì)的說明。 在蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中，通過將計(jì)算所得結(jié)構(gòu)圖與實(shí)驗(yàn)測(cè)定的分子結(jié)構(gòu)圖進(jìn)行對(duì)比直觀地體現(xiàn)計(jì)算結(jié)果的好壞，以兩種結(jié)構(gòu)的RMSD值

2、的大小來說明計(jì)算結(jié)構(gòu)與實(shí)驗(yàn)結(jié)果的相似程度。本文用兩種不同的簡化模型及不同的勢(shì)函數(shù)分別對(duì)幾種蛋白質(zhì)分子作了計(jì)算，計(jì)算所得到的分子結(jié)構(gòu)與相應(yīng)實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)的RMSD值都不太大，說明該算法對(duì)勢(shì)能函數(shù)的優(yōu)化是有效的，但其中的二級(jí)結(jié)構(gòu)部分的預(yù)測(cè)結(jié)果不理想，天然結(jié)構(gòu)中蛋白質(zhì)分子的α螺旋和β片狀結(jié)構(gòu)在計(jì)算結(jié)構(gòu)中很難得到反映，這也是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中較為困難的一個(gè)問題。在相同的模型中，對(duì)于同樣的勢(shì)函數(shù)發(fā)現(xiàn)其中參數(shù)的取值對(duì)蛋白質(zhì)的計(jì)算結(jié)構(gòu)有重要影響，同樣的參數(shù)對(duì)