11416.蛋白質(zhì)折疊的分子體積計算及處理

1、分類號：密級：UDC：學(xué)號：406107711099南昌大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文蛋白質(zhì)折疊的分子體積蛋白質(zhì)折疊的分子體積計算及處理計算及處理MolecularVolumeCalculationProcessingofProteinFolding周匯虹培養(yǎng)單位（院、系）：信息工程學(xué)院指導(dǎo)教師姓名、職稱：江順亮教授申請學(xué)位的學(xué)科門類：工學(xué)學(xué)科專業(yè)名稱：計算機(jī)應(yīng)用技術(shù)論文答辯日期：2014年5月29日答辯委員會主席：評閱人：2014年月日摘要I

2、摘要21世紀(jì)隨著計算機(jī)科學(xué)技術(shù)不斷的發(fā)展，計算機(jī)科學(xué)技術(shù)已經(jīng)在許許多多的科學(xué)領(lǐng)域（生物工程，醫(yī)學(xué)可視化手術(shù)，仿生技術(shù)等）里獲得了突破性進(jìn)展，而不單單在本科學(xué)領(lǐng)域綻放光彩。在生物物理學(xué)當(dāng)中有一個重要的課題—蛋白質(zhì)折疊問題，它是當(dāng)今尚未突破的重大科學(xué)難題。我們現(xiàn)在只知道有哪些DNA能創(chuàng)造出哪些蛋白質(zhì)，而不清楚這些蛋白質(zhì)是如何從肽鏈折疊成具有功能結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)的，這個過程被譽(yù)為人類的第二遺傳密碼。為了解決這個問題，世界各地的學(xué)者基本都從蛋白質(zhì)的

3、結(jié)構(gòu)開始，用動力學(xué)和熱力學(xué)的方法去分析，得到了一些可用的實踐成果，而沒有得到確切的理論依據(jù)。而隨著計算機(jī)的發(fā)展，算法設(shè)計的不斷創(chuàng)新，使得利用計算機(jī)運算的高效性，高容量，分布式集成的優(yōu)勢利用算法去驗證蛋白質(zhì)折疊理論，發(fā)現(xiàn)理論成為可能。本文所依據(jù)的理論來源于南昌大學(xué)理學(xué)院方毅教授所創(chuàng)造的吉布斯自由能最小化蛋白質(zhì)折疊理論，這種方法主要是通過計算蛋白質(zhì)分子的表面積，體積，作用于溶劑分子相關(guān)的空隙體積，采用牛頓最速下降法使得蛋白質(zhì)分子的吉布斯自由