豬SLA-DQA基因的SNPs與單倍型檢測及SNPs與部分性狀關(guān)聯(lián)的研究.pdf

1、豬白細(xì)胞抗原(SwineLeucocyteAntigen，SLA)復(fù)合體是由存在于7號染色體上一群緊密連鎖并具有高度多態(tài)的基因所組成的一個染色體區(qū)域，編碼主要組織相容性抗原。SLA復(fù)合體區(qū)基因是豬抗病育種的主要候選基因，相關(guān)研究亦表明SLA復(fù)合體區(qū)域基因的某些血清單倍型與豬的多種疾病易感性及多種經(jīng)濟(jì)性狀間存在相關(guān)。但SLA區(qū)域基因繁多，且大多是具有高度多態(tài)性的基因。該研究以SLA-DQA基因為對象，從mRNA入手，在英國大白、瑞典長白、

2、通城豬三個品種中，利用RT-PCR直接測序、克隆側(cè)序和PCR-RFLP等方法對該基因整個編碼區(qū)存在的DNA多態(tài)性進(jìn)行了掃描，并分析了多態(tài)性與性狀間的關(guān)聯(lián)，取得如下結(jié)果： 1、通過RT-PCR方法克隆了通城豬DQA基因編碼區(qū)序列，經(jīng)序列比對后，發(fā)現(xiàn)在編碼序列第722位堿基處有一新的SNP位點，該位點堿基發(fā)生A和G之間的轉(zhuǎn)換從而引起氨基酸從Gly到Arg轉(zhuǎn)變，并產(chǎn)生了TaqI酶切位點。 2、通過RT-PCR產(chǎn)物直接測序的方法

3、對大白豬、長白豬、通城豬三個品種的DQA基因編碼區(qū)多態(tài)性進(jìn)行了分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)大白豬共有45個(29P+16S)變異位點；長白豬共有39個(25P+14S)變異位點；通城豬共有59個(45P+14S)變異位點。同時結(jié)合克隆測序，對雜合位點進(jìn)行了分型，分析了DQA基因密碼子使用頻率，多態(tài)分布及等位基因的種類。 3、選定在三個品種中均存在多態(tài)的第46、169、209、264、274、285、294、299、331、355、372、41

4、0位共12個位點的多態(tài)性進(jìn)行了其與部分免疫性狀和生產(chǎn)性狀間關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：第46位(ACC→GCC)多態(tài)與平均血細(xì)胞容積、屠宰率的相關(guān)聯(lián)達(dá)到顯著水平(P＜0.05)，而與三點平均背膘厚的關(guān)聯(lián)也接近顯著水平(P=0.063)；169位(GAA→CAA)多態(tài)與眼肌面積、腿臀肉骨率等的相關(guān)性達(dá)到顯著或極顯著水平；第274位(TTA→GCA/GGA)多態(tài)與DTH、IgG、內(nèi)脂率、眼肌面積、板油率、腿臀比率、腿臀肉骨率相關(guān)；第285位(AAT

5、→AAC)多態(tài)與DTH、內(nèi)脂率、眼肌面積、板油率、腿臀比率相關(guān)；第294位(ATT→ATC)與白細(xì)胞數(shù)、IgG含量、眼肌面積和肌肉嫩度相關(guān)；第299位(ACT→ATT)與DTH、眼肌面積相關(guān)；第331位(CAG→AAG)與白細(xì)胞數(shù)、6-7肋間背膘厚、肌肉嫩度相關(guān)；第355位(TCC→CCC)與DTH、眼肌面積相關(guān)；第372位(ATA→ATG)與DTH、內(nèi)脂率、眼肌面積、板油率、腿臀比率相關(guān)；第410位(AGC→AAC)與內(nèi)脂率、板油率、

6、腿臀比率、肉色相關(guān)；第209、264位兩個位點未發(fā)現(xiàn)與任何性狀有相關(guān)性。 4、在研究中與通城畜牧局合建的實驗群體中，對722位的TaqI-RFLP的多態(tài)與部分性狀進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)群體中只檢測到兩種基因型，關(guān)聯(lián)分析表明不同基因型間在內(nèi)脂率、三點平均背膘厚、6-7肋間背膘厚等性狀上的差異顯著(P＜0.05)。 5、通過PCR-RFLP的方法檢測了藍(lán)塘豬、清平豬、藏豬、民豬、小梅山、鄂西黑豬和大白豬第722位TaqI-