豬肉質性狀三個候選基因的SNPs檢測.pdf

1、本研究以莆田黑豬和國壽黑豬作為試驗材料,設計了15對引物,通過PCR-SSCP技術在試驗群體中對豬H-FABP、A-FABP和AMPD1基因的部分外顯子中進行了多態(tài)性篩選。對SSCP分析結果中的每種純合子基因型進行測序,從而進一步確定各多態(tài)位點存在及變異情況,結果表明:
　　 (1)經過SSCP檢測,結果只在H-FABP基因的三個位點找到多態(tài)性,其余的位點均未找到多態(tài)性。莆田黑豬在H-FABP基因的5'-調控區(qū)檢測出AA、BB和

2、AB三種基因型,而國壽黑豬只有AA和AB兩種。擴增的外顯子2中國壽黑豬有CC、DD和CD三種基因型,莆田黑豬有DD和CD兩種。外顯子4處莆田黑豬有EE、FF和EF三種基因型,而在國壽黑豬中檢測到EE、EF、EG及FG四種基因型。
　　 (2)莆田黑豬在5'-調控區(qū)、外顯子2處屬于中度多態(tài)(0.25＜P＜0.5),外顯子4為低度多態(tài)(P＜0.25)。國壽黑豬在5'-調控區(qū)、外顯子4處屬于中度多態(tài),外顯子2為低度多態(tài)。Hardy-W

3、einberg平衡適合性檢驗結果表明:兩個豬種在5'-調控區(qū)、外顯子2中均處于非平衡狀態(tài)(P＜0.01)。在外顯子4處莆田黑豬處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P＞0.05),而國壽黑豬處于非平衡狀態(tài)(P＜0.01)。
　　 (3)測序結果表明,在5'-調控區(qū)AA、BB型的第6bp和第15bp都檢測到堿基A和T的缺失,在第103bp都發(fā)生C→T的突變。AA型中第7bp和11bp分別發(fā)生G→T和C→A的突變。外顯子2的CC

4、型第2bp處出現(xiàn)A→C的突變,第62bp、65bp都是T→C的突變,推導氨基酸序列發(fā)現(xiàn)第一個氨基酸是由組氨酸(His)轉變成脯氨酸(Pro),第21和22個都是異亮氨酸(lle)轉變成蘇氨酸(Thr)。外顯子4中每一個基因型變異堿基數都達到80個以上。
　　 (4)將莆田黑豬和國壽黑豬H-FABP基因外顯子2的核苷酸序列與GenBank中野豬、牦牛、驢、人、大鼠、雞和斑馬魚等7個物種的核苷酸序列進行同源比對,分別存在0、3、8、