Ⅰ：牛5個基因的分離、克隆、SNP檢測及其與生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析;Ⅱ：豬肉質(zhì)性狀QTL檢測.pdf

1、第一部分，隨著牛基因組圖譜的公布和分子生物學技術(shù)的飛速發(fā)展，從分子水平進行動物育種成為可能，選擇方式由只利用表型信息的最佳線性無偏預測(BLUP)傳統(tǒng)育種方式逐步向結(jié)合標記信息的標記輔助選擇(MAS)、基因組選擇(GS)的分子育種方式發(fā)展，標記的類型也由最初的生化標記發(fā)展到單核苷酸多態(tài)，研究所選基因的效應也成為熱點。動物的生長和肉質(zhì)與脂肪的積累有密切的關(guān)系，本研究利用生物信息學和分子生物學相結(jié)合的方法，分離和克隆了牛的5個基因，獲得了相

2、關(guān)信息，取得了如下結(jié)果： 1、以人的cDNA為查詢序列，從GenBank中搜索牛的同源EST，根據(jù)EST拼接成的連接群(contig)或人的cDNA設(shè)計引物，從牛的基因組中分離了5個基因的部分或全長片段。這5個基因分別為：?；Ｄ?(AMAC1)、乙酰輔酶A?；D(zhuǎn)移酶1(ACAA1)、乙酰輔酶A?；D(zhuǎn)移酶2(ACAA2)、?；o酶A脫氫酶家族8(ACAD8)和?；o酶A脫氫酶，C-4至C-12直鏈(ACADM)。

3、 2、采用RT-PCR和RACE技術(shù)，獲得了AMAC1，ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM的cDNA全長序列，推導了相應的氨基酸序列，并與相近的物種進行了比較。這5個cDNA序列已遞交到GenBank，登錄號分別為：EU025856，EF576938，EF583004，DQ435444和EU009460。 3、采用PCR-RFLP和AS-PCR方法檢測了AMAC1，ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM等5個

4、基因共7個SNP，分析了各個SNP在不同品種中的基因頻率和分布差異。 4、用通用線性模型對所發(fā)現(xiàn)的SNP與生產(chǎn)性狀進行了關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：AMAC1基因C201T位點和C291T位點，ACADM基因A2009G位點沒有發(fā)現(xiàn)與生產(chǎn)性狀有關(guān)聯(lián)(P＞0.05)；ACAA1基因A1066G位點與眼肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，AA型最高，AG型次之，GG型最低，AA型與GG型差異顯著(P＜0.05)；ACAA1基因A1452G位點與眼

5、肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，GG型最高，AG型次之，AA型最低，GG型與AA型、AG型與AA型差異顯著(P＜0.05)；ACAA2基因A33119G位點與日增重和眼肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，AG型的日增重顯著高于AA型(P＜0.05)，AA型和AG型的日增重即顯著高于GG型(P＜0.01)，AG型和AA型眼肌面積差異不顯著(P＞0.05)，但都顯著低于GG型(P＜0.05)；ACAD8基因A13408G位點與日增重和嫩度有關(guān)聯(lián)(P

6、＜0.05)，3種基因型間日增重和嫩度均兩兩顯著(P＜0.05)，日增重最高為GG型，AG型次之，AA型最低，嫩度則相反，AA型最高，AG型次之，GG型最低。 第二部分，肉質(zhì)性狀，特別是感官性狀，雖沒有一個非常清晰的經(jīng)濟價值，但消費者的消費傾向和肉的風味卻與之密切相關(guān)，成為育種目標的重要組成部分。本研究利用12個家系5000多頭長白、大白和杜洛克三元雜交的商業(yè)群體，采用方差組分分析方法對6個肉質(zhì)性狀進行了QTL連鎖分析。497個S

7、NP標記用來構(gòu)建連鎖圖譜，平均間隔5.48cM。連鎖分析結(jié)果表明：在5％染色體水平上共檢測到37個影響肉質(zhì)性狀的QTL，其中5個QTL影響DRIP，9個QTL影響L*，5個QTL影響PHI，6個QTL影響PHK，8個QTL影響a*，4個QTL影響b*；其中12個QTL在5％基因組水平上顯著。大多數(shù)QTL能夠解釋表型方差的1-2％，有4個QTL解釋的表型方差大于4％，分別為SSC2上影響DRIP的QTL，SSC6上影響PHI的QTL、SS