轉(zhuǎn)錄組測序解析氨氣刺激后仔豬呼吸道和肝臟轉(zhuǎn)錄譜的變化.pdf

1、氨氣是規(guī)?；i場中普遍存在的有毒有害氣體之一，較高濃度的氨氣會給仔豬和工作人員帶來健康隱患，而目前關于氨氣影響仔豬健康的研究尚不足。本研究選取7周齡14 kg的保育仔豬共12頭，隨機分為4組，用56 mg/m3左右的氨氣對3個試驗組分別刺激4天、8天和12天，對照組則不作處理。刺激結束后采集仔豬肺，鼻黏膜和肝臟組織，提取總RNA，然后對這4個時期的樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)，并探討氨氣刺激對3個組織轉(zhuǎn)錄譜的影響。
　　主

2、要結果:
　　1.分別鑒定了3個組織氨氣刺激前后的差異表達基因（默認和較小天數(shù)組比），肺和鼻黏膜一共6個比較(NC與3個處理組間的比較，3個處理組間的兩兩比較)，肝臟只有1個比較（D12比NC）。統(tǒng)計顯示:肺的差異表達基因一共有289個，鼻黏膜則有825個，肝臟有589個（367個上調(diào)表達，222個下調(diào)表達）。
　　2.構建了肺和鼻黏膜差異表達基因的表達模式，并對每個模式的基因進行了功能富集分析。肺的差異表達基因一共被分為1

3、8類，其中SCGB3A2，MMPs，PIFA1，IL8，ARG2，COMP，PAL-1，COLs，CLCA1，ELANE等與肺纖維化發(fā)生和氣道黏液分泌相關的基因大部分處于cluster1，cluster2和cluster3中。鼻黏膜的差異表達基因被分為了20類，其中cluster1，cluster2，cluster3和cluster6中CCDCs，CFAPs，TEKTs，DNAHs，LRRCs，SPAG17，COL11A2，ACAN，S

4、NTN與黏膜功能、結構有關;cluster4中SFTPs，BPIFBs與呼吸功能及防御反應相關;cluster7中MASP1，LBP，C4BPA，IL1B，REG3G，S100As與急性炎癥和黏液分泌有關;cluster8和cluster9的PAI-1，MMPs，KRTs還與上皮修復有關。
　　3.肝臟差異表達基因顯著富集的通路(p≤0.05)與免疫，癌癥，肝病，氨基酸代謝及生理節(jié)奏有關。蛋白互作分析表明PIK3CA，TNF，NF

5、KBIA，THBS1，JUN，HIF1A和FOS可能是重要的調(diào)控因子。
　　4.鑒定了NC組和D12組間的差異可變剪切及差異表達轉(zhuǎn)錄本。結果顯示CD40、SAT1、ETFB、CLK1、CHTOP和TNFRSF1A在鼻黏膜或者肺NC組和D12處理組間具有顯著差異(FDR≤0.05)的可變剪接事件。同時，分別在肺、鼻黏膜和肝臟上發(fā)現(xiàn)了數(shù)量不等的差異表達(FDR≤0.05)的轉(zhuǎn)錄本。功能分析表明以上基因大部分與免疫，細胞凋亡和癌癥有關。

6、
　　5.用22個樣品的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)鑒定了903條新lincRNA，并用權重基因共表達網(wǎng)絡整合分析（Weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）差異表達的linc基因和編碼基因（共3072個）。結果顯示LIPG在肝臟D12特異性高表達，TF在肝臟NC組特異性高表達;而新lincRNA XLOC_004910則在鼻黏膜D12特異性高表達，其臨近的9個編碼基因（上下游100k