蒙古沙冬青轉(zhuǎn)錄組測序和AmDREB1F基因的克隆.pdf

1、沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)具有很強(qiáng)的耐寒和耐旱等耐逆特性，是研究植物耐寒耐旱機(jī)理和挖掘耐逆基因的珍稀材料。然而，目前對于沙冬青功能基因組的研究只取得了有限的序列數(shù)據(jù)。本研究利用Illumina技術(shù)對蒙古沙冬青在冷凍和干旱脅迫下的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測序和從頭組裝，并對其中AmDREB1F基因進(jìn)行了克隆，取得了下列主要研究成果:
　　(1)測序產(chǎn)生了4.26G的高質(zhì)量數(shù)據(jù),47.29 Mb的clean re

2、ads和86058條Unigene序列，其平均長度為756bp，N50長度為1279bp。
　　(2)利用RT-PCR方法對12條Unigene序列進(jìn)行了擴(kuò)增驗證，表明本研究序列組裝結(jié)果質(zhì)量較高。
　　(3)通過對蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行Blast搜索，共有51014條Unigene與已知的基因匹配，其中多數(shù)被注釋的基因可劃歸于44個GO功能條目、25個COG蛋白族和125條KEGG途徑。共有35044條Unigene沒有匹配序列，

3、其中有部分Unigene可能來自沙冬青中所特有的基因。
　　(4)根據(jù)功能注釋信息，共有2533條Unigene序列編碼轉(zhuǎn)錄因子，分屬于57個轉(zhuǎn)錄因子家族。
　　(5)通過在TIGR植物轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行Blast比對，表明與蒙古沙冬青轉(zhuǎn)錄組最相似的物種是大豆。
　　(6)利用PCR方法克隆了AmDREB1F基因的編碼區(qū)cDNA和gDNA，二者均由726bp組成，故無內(nèi)含子序列。推測其蛋白產(chǎn)物由241個氨基酸殘基組成，