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1、綠僵菌(Metarhizium acridum)是一種數(shù)量較多的侵染性昆蟲(chóng)病原真菌,具有很強(qiáng)的致病力。前期研究可知綠僵菌中類Cdc42基因被命名為MaCdc42(Metarhizium acridum Cdc42),屬于Rho家族蛋白基因。MaCdc42基因與綠僵菌的極性生長(zhǎng)、抗逆機(jī)制和致病性密切相關(guān)。為明確MaCdc42調(diào)控機(jī)制,本研究對(duì)敲出MaCdc42基因綠僵菌菌株(△MaCdc42)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。分析綠僵菌 MaCdc42缺失
2、所引起的基因表達(dá)變化,以揭示 MaCdc42的相關(guān)調(diào)控機(jī)制。研究結(jié)果如下:
1.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序野生型(WT)菌株的Clean Reads為45298174條,拼接后得到9316個(gè)基因;MaCdc42突變體的Clean Reads為45920260條,拼接后得到9339個(gè)基因。
2. MaCdc42基因敲除導(dǎo)致1512個(gè)基因的mRNA表達(dá)水平發(fā)生變化,表達(dá)量相對(duì)上調(diào)的基因?yàn)?55個(gè),相對(duì)下調(diào)的基因?yàn)?57個(gè),上調(diào)基因數(shù)較多
3、。在差異表達(dá)基因中變化倍數(shù)在32倍以上的基因中,大多包含一些未知功能的假設(shè)蛋白基因,例如假設(shè)蛋白 MAC_03232(hypothetical protein MAC_03232)假設(shè)蛋白 MAC_06508基因、假設(shè)蛋白MAC_04956基因等,為后續(xù)研究提供一定新的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
3. GO分析結(jié)果顯示MaCdc42的調(diào)控相關(guān)的差異基因共622個(gè)得到注釋,其中47%(293個(gè))注釋到氧化還原酶活性、水解酶活性、鐵離子結(jié)合等分子
4、功能,38%(236個(gè))注釋到定位、陰離子運(yùn)輸?shù)壬镞^(guò)程,15%(93個(gè))注釋到膜、膜的固有成分、膜組分等細(xì)胞組分。MaCdc42基因的敲出與綠僵菌的生長(zhǎng)發(fā)育,細(xì)胞骨架形成具有十分重要的調(diào)控作用。
4. KEGG Pathway分析表明,MaCdc42基因敲除所引起的差異表達(dá)基因中,共有935個(gè)差異表達(dá)基因富集于117個(gè)生理生化條目;MaCdc42基因敲除影響 MAPK-yest信號(hào)通路通路改變,通路上18基因表達(dá)出現(xiàn)差異,其
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