多種細菌高表達基因的預測、比較以及分析.pdf

1、在本篇論文中對八種常見人類傳染病的十種病原體細菌的高表達基因進行了預測與分析，我們采用了兩種基于密碼子使用偏性的方法即密碼子適用指數CAI和E(g)指數來預測這十種細菌中的高表達基因，經過翻譯選擇壓力指數S的篩選，五個具有較大翻譯選擇壓力的基因組被選擇用來分析。五個選擇的基因組中共有44個共同預測的高表達基因，包括36個核糖體蛋白基因、7個編碼主要的轉錄/翻譯因子基因以及分子伴侶蛋白DnaK。功能類分析表明預測的高表達基因大多數都屬于蛋

2、白質合成以及翻譯后修飾、能量代謝等生物必須的基礎代謝環(huán)節(jié)，致病性因子分析表明絕大多數致病性因子基因均為中等或者低等水平表達，只有少數基因被預測為高表達基因，且不同基因組中高表達致病性基因均不一致，說明五種致病菌的不同致病機理。
　　通過使用實驗數據與CAI和E(g)理論預測值進行比較分析，我們發(fā)現(xiàn)CAI和E(g)預測高表達基因的理論值與實驗數據的相關性沒有顯著差異，說明兩種方法預測的結果的準確性等基本相同。而在另外一項研究中我們發(fā)

3、現(xiàn)兩種方法預測高表達基因的重合率與密碼子使用偏性有著很好的正相關性，我們提出可以采用兩種方法的重合率作為判斷細菌基因組密碼子使用偏性的重要指標，為高表達基因預測等工作提供依據。
　　在對33個具有兩條染色體的細菌基因組的高表達基因研究工作中，我們發(fā)現(xiàn)除了爭論貪噬菌外的其他基因組中，第一條染色體上高表達基因的數量、高表達基因所占基因總數的百分比以及兩種方法預測的高表達基因的重合率均要高于第二條染色體，說明了第一條染色體對細菌而言具有