基于一個肝癌相關(guān)長鏈非編碼RNA基因的克隆及序列分析研究.pdf

1、我們在生物學研究過程中，經(jīng)常需要進行序列同源性分析，就為了確定新測序列的生物屬性，主要方法就是將新序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進行多序列同時比較，以確定該序列與其他序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步，完成這一工作通常使用序列比對的方法。
　　本文中我們利用新一代測序(Next Generation Sequencing，NGS)技術(shù)對肝細胞癌(hepatocellular carcinoma，HC

2、C)患者活檢標本及正常對照肝組織樣品進行高通量RNA測序(RNA-Sequencing，RNA-Seq)，在肝癌樣品中染色體11q13.1區(qū)域檢測到幾個相鄰的RNA-Seq信號峰，而在正常對照組織中沒有檢測到，且該染色體區(qū)域目前尚無已知基因登錄，提示這幾個RNA-Seq峰可能代表一個或多個未知的新基因.我們以此為線索，證實這幾個RNA-Seq峰來自同一個新基因，并克隆了該基因全長序列，在克隆該基因全長序列時，我們發(fā)現(xiàn)該基因編碼的RNA存

3、在多種剪接形式，最長的轉(zhuǎn)錄本為3562 bp.我們將該基因編碼的12條代表性RNA轉(zhuǎn)錄本序列遞交到美國國立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)的GenBank數(shù)據(jù)庫中，GenBank ID號分別為KC136297～KC136308.該基因編碼的RNA沒有發(fā)現(xiàn)明顯的開放閱讀框(open reading fragment，ORF)，提示該基因可能編碼長鏈非編