基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的昆蟲特異性序列及非編碼RNA基因的發(fā)現(xiàn).pdf

1、大規(guī)模測序產(chǎn)生越來越多的物種序列信息，從這些序列信息中發(fā)掘昆蟲特異性的新基因有助于搜尋特異性的害蟲基因沉默控制新靶標，同時對新基因產(chǎn)生的機制，結(jié)構(gòu)及功能進行研究具有重要的意義。
　　 本文對4種鱗翅目（二化螟、三化螟、稻縱卷葉螟、甜菜夜蛾）和4種同翅目（褐飛虱、灰飛虱、煙粉虱、白背飛虱）害蟲的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行了生物信息學(xué)分析。利用Blast對兩個目的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行注釋。同時，從GenBank數(shù)據(jù)庫中獲得人、小鼠、雞、牛、狗、豬、斑

2、馬魚、家蠶、蜜蜂、赤擬谷盜、果蠅、按蚊、豌豆芽、線蟲、啤酒酵母15個物種的基因序列，將兩個目中的昆蟲基因序列與上述15個物種的基因序列進行同源性比對分析，從中尋找出兩個目中的特異性序列，并對這些特異性序列進行GO分析，為害蟲基因沉默控制提供前期序列基礎(chǔ)。
　　 目前，研究人員已明確發(fā)現(xiàn)非編碼RNA在生物體生命過程中的作用不容小覷。本文先利用PORTRAIT軟件對兩個目的害蟲轉(zhuǎn)錄組進行非編碼RNA的預(yù)測，然后將預(yù)測結(jié)果與常用的非編

3、碼RNA數(shù)據(jù)庫（NONCODE、RFAM、RNADB）進行同源性比對，最終確定在昆蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中存在的的非編碼RNA。研究發(fā)現(xiàn)，除了在白背飛虱中發(fā)現(xiàn)的非編碼RNA數(shù)目相對較多外，其他物種中的非編碼RNA都比較少。分析認為，非編碼RNA在序列上沒有蛋白編碼基因保守，基于序列保守性的同源分析可能無法有效地發(fā)現(xiàn)非編碼RNA。另一方面，solexa測序策略可能不利于非編碼RNA基因序列的富集，丟掉了大量的非編碼RNA基因信息，轉(zhuǎn)錄組可能不是用于