賁門癌細胞凋亡相關長鏈非編碼RNA的分析.pdf

1、目的：
　　本研究旨在運用生物信息學方法在賁門癌組織中找到差異表達的基因，并構建基因間的共表達網(wǎng)絡關系，在網(wǎng)絡圖中挑選相關基因并通過實驗驗證某些個基因與賁門癌細胞凋亡相關。
　　方法：
　　我們從河南科技大學第一附屬醫(yī)院及安陽腫瘤醫(yī)院腫瘤外科獲得15對賁門癌組織和癌旁組織，隨后應用Human LncRNA Array v2.0芯片（8×60K, Arraystar）對癌組織和癌旁組織進行l(wèi)ncRNA（Long non-

2、coding RNA）表達的全基因組分析，通過基因功能富集分析找到凋亡相關基因本體論（GO）條目，從中選取 mRNA并驗證，通過皮爾森系數(shù)與差異表達 lncRNA構建共表達網(wǎng)絡圖，從中挑選lncRNA進行qRT-PCR驗證，并分析mRNA與lncRNA之間的相關性，最后通過賁門癌細胞系的驗證證實該基因的差異表達與細胞凋亡相關。
　　結果：
　　芯片結果顯示，癌組織中有5139個lncRNAs差異表達。它們中有3026個上調(diào)的

3、lncRNAs的差異表達倍數(shù)大于2，有2113個下調(diào)的lncRNAs差異表達倍數(shù)大于2。GO分析顯示在“抗凋亡”的生物學過程的GO條目（GO term:0006916）中有42個蛋白編碼基因顯著富集。在mRNA-lncRNA共表達網(wǎng)絡圖中，共包含2個mRNA和50個 lncRNA，二者的皮爾森相關系數(shù)大于等于0.97。隨后，我們通過實時定量聚合酶鏈反應的方法，隨機的挑選了1個下調(diào)和5個上調(diào)基因在另外29對賁門癌及賁門癌旁組織中進行驗證，

4、結果1個下調(diào)的lncRNA（RP11-98F14.10）表達與基因芯片結果一致，接下來對PCR驗證過的2個mRNA與這個下調(diào)lncRNA進行相關性分析，結果顯示PEA15與lncRNA（RP11-98F14.10）存在相關性。最后，我們構建重組過表達質(zhì)粒，通過慢病毒來轉(zhuǎn)染了1株賁門癌細胞系（SK-GT-2），然后利用流式細胞儀檢測細胞凋亡狀態(tài)，發(fā)現(xiàn)過表達該基因后增加了賁門癌細胞的凋亡。
　　結論：
　　賁門癌中存在大量差異表