單、多羔山羊卵巢差異表達miRNA篩選與分析.pdf

1、在山羊中，安徽白山羊總體各項繁殖力參數(shù)較高，是安徽省皖北和江淮之間的廣大平原、丘陵地區(qū)人民的重要生產(chǎn)資料，其經(jīng)濟效益依賴于它的總生產(chǎn)力，而這種總生產(chǎn)力更多的依賴于母羊的高產(chǎn)羔率。然而，有關于山羊繁殖性狀的遺傳力很低（0.09～0.14），較難過傳統(tǒng)的育種方法來改進其遺傳進展。因此研究者們將他們的目光聚焦于分子育種技術，以期快速提高山羊繁殖力。卵巢是動物體內(nèi)重要的生殖器官之一，在生殖調(diào)控過程中發(fā)揮非常重要的作用，其排卵的多少影響個體產(chǎn)羔率

2、的高低。MicroRNA(miRNA)是一類通過降解或干擾mRNA正常表達的方式來實現(xiàn)調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄后表達的非編碼小RNA。許多研究表明，miRNA在卵巢的所有生物學過程都起較重要的作用，包括卵泡形成、發(fā)育、凋亡，黃體形成與消失。
　　為探索解釋miRNA在山羊繁殖性狀中產(chǎn)羔率方面所扮演的角色，期望篩選并鑒別某些miRNA序列可被用于后續(xù)研究以提高山羊排卵率及產(chǎn)羔率。在本研究中，我們使用高通量測序的方法，在產(chǎn)單羔和多羔的安徽白山羊母

3、羊卵泡期卵巢中探測miRNA的各自表達譜，及其差異性表達情況，預測其潛在的候選miRNA，并對miRNA的靶基因進行了GO富集分析和KEGG通路分析。主要研究結(jié)果如下：
　　1.對單羔和多羔安徽白山羊卵泡期卵巢小RNA文庫進行高通量測序，兩文庫共獲得12,000,000條原始序列（raw reads）。經(jīng)質(zhì)量處理后單羔和多羔文庫分別得到5,945,145和5,948,837條純凈序列，分別對應235,735和160,284種不同的

4、純凈序列。其長度分布主要位于20~24nt之間；其中以miRNA典型長度22nt的分布為波峰，在單羔和多羔文庫中分別占到54.26％和56.93%。
　　2.參照miRBase20.0數(shù)據(jù)庫中已有的所有動物miRNA及其前體序列（測得的miRNA不分物種），得到了較完整的山羊卵泡期卵巢miRNA表達譜及轉(zhuǎn)錄組特征信息：單羔和多羔各文庫miRNA的表達主要集中在表達量前20位的miRNA上(均占所有miRNA總表達量的80%以上)，

5、其中l(wèi)et-7b在兩組山羊卵泡期卵巢中表達量均是最高。
　　3.對各miRNA進行標準化處理后，進行差異比較，單羔和多羔文庫分別獲得1441個和1317個物種間保守的已知miRNA，其中，1008個為共同表達，309個是多羔文庫特異表達，433個為單羔文庫特異表達；絕大多數(shù)特異miRNA的表達量極低，表達量未高于5，但多羔組中有4個、單羔組中有9個miRNA表達量高于1000，其中多羔組中最高表達的miR-29c表達量高達5214

6、，單羔組中最高表達的miR-6406表達量高達42571?？偣差A測得到35個新的山羊候選miRNA。其中，8個是單、多羔文庫共同表達的，9個是在多羔組中特異表達，18個是在單羔組中特異表達的。
　　4.對單羔和多羔文庫的miRNA的靶基因進行GO富集分析和KEGG通路分析。結(jié)果表明，GO富集分析中，miRNA的靶基因在兩個文庫中分別富集到不同的條目中，而且多羔組的顯著富集條目全部被包含在單羔顯著條目中；KEGG通路分析中，值得指出

7、的是ABC transporters, Carbohydrate digestion and absorption, Peroxisome, Starch and sucrose metabolism,和 Progesterone-mediated oocyte maturation（孕酮介導的卵母細胞成熟）通路被多羔組顯著富集，這些顯著富集的通路可能是機體為應對山羊多羔性狀卵泡期的生理要求而顯現(xiàn)出的。
　　5.針對兩文庫共同表達