女性乳腺癌相關(guān)基因異常甲基化研究.pdf

1、目的:乳腺癌(Breast cancer, BC)是女性最常見的惡性腫瘤之一，乳腺癌相關(guān)基因的功能學(xué)異常與乳腺癌發(fā)生發(fā)展有關(guān)已得到廣泛認(rèn)可。早期研究多關(guān)注編碼基因的單核苷酸多態(tài)(SNP)，這是人類可遺傳變異中最常見的一種，被認(rèn)為是人類疾病易感性和藥物敏感性的決定性因素之一。隨著分子生物學(xué)研究的深入，人們發(fā)現(xiàn)DNA序列以外的調(diào)控異常在腫瘤發(fā)生、發(fā)展過程中更為普遍，這種不依賴于DNA序列變化的可遺傳調(diào)控稱為表觀遺傳(Epigenetics)

2、改變，主要包括DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質(zhì)重塑和microRNAs等。與傳統(tǒng)的蛋白類生物標(biāo)志物相比，DNA甲基化改變常常是細(xì)胞癌變過程中更為早期的事件，可能在腫瘤早期診斷中具有更大的價(jià)值，有望成為乳腺癌患者診斷和預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物。本次研究旨在(1)探討乳腺癌相關(guān)基因的異常甲基化頻率及應(yīng)用于乳腺癌診斷的臨床價(jià)值;(2)系統(tǒng)評(píng)價(jià)與乳腺癌相關(guān)的BRCA1基因啟動(dòng)子甲基化和乳腺癌患者臨床預(yù)后之間的關(guān)系。
　　方法:本研究分兩部分，

3、第一部分，采用病例對(duì)照研究設(shè)計(jì)和分子流行病學(xué)研究方法，分析BRCA1，GSTP1，P16INK4A，MGMT，PTEN，RARβ2和CCND2基因甲基化與乳腺癌的關(guān)聯(lián)。共納入70例臨床確診的乳腺癌患者為病例組，并以20例罹患乳腺良性疾病(Benign breast disease，BBD)的患者作為對(duì)照。采用甲基化特異性PCR(Methylation-specific PCR，MSP)方法檢測(cè)候選基因的啟動(dòng)子區(qū)甲基化情況，并應(yīng)用免疫組化

4、實(shí)驗(yàn)檢測(cè)相關(guān)基因的蛋白表達(dá)。采用靈敏度、特異度和受試者工作特征（Receiver operator characteristic，ROC）曲線下面積(Area underthe curve，AUC)表示DNA甲基化生物標(biāo)志物應(yīng)用于乳腺癌診斷的價(jià)值。第二部分，根據(jù)PRISMA指南，應(yīng)用meta分析系統(tǒng)評(píng)價(jià)乳腺癌相關(guān)基因BRCA1甲基化與疾病預(yù)后的關(guān)聯(lián)。文獻(xiàn)來源于PubMed, Web of Science和Embase數(shù)據(jù)庫，文獻(xiàn)檢索截止

5、日期為2014年12月。采用合并風(fēng)險(xiǎn)比(Hazard ratio，HR)及其95％可信區(qū)間(Confidence interval，CI)來評(píng)價(jià)對(duì)預(yù)后的效應(yīng)。根據(jù)異質(zhì)性檢驗(yàn)結(jié)果來選擇隨機(jī)效應(yīng)模型或固定效應(yīng)模型進(jìn)行分析。
　　結(jié)果:(1)分子流行病學(xué)研究顯示，94.3％的乳腺癌患者至少有一個(gè)基因發(fā)生甲基化，乳腺癌組織中BRCA1，GSTP1，P16INK4A，MGMT, PTEN，RARβ2和CCND2的甲基化率分別為24.3％，3

6、1.4％，40.0％，27.1％，48.6％，55.7％和67.1％，均高于對(duì)照組（0％，0％，20.0％，25.0％，40.0％，40.0％和40.0％）。免疫組化研究證實(shí)BRCA1和GSTP1高甲基化與基因表達(dá)下降低有關(guān)。診斷試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)BRCA1和GSTP1聯(lián)合使用診斷乳腺癌的AUC為0.721(95％ CI:0.616-0.827)，診斷界值確定為1，即任一基因發(fā)生甲基化時(shí)，靈敏度和特異度分別為44.3％和100.0％。7個(gè)基因聯(lián)合

7、分析AUC為0.741(95％ CI:0.631-0.850)，診斷界值為3，即有3個(gè)基因發(fā)生甲基化時(shí)，靈敏度和特異度分別為58.6％和80.0％。(2) Meta分析共納入11篇文獻(xiàn)，3374名患者。BRCA1基因高甲基化與乳腺癌患者總生存期(Overallsurvival，OS)縮短有關(guān)，合并HR(95％ CI)為2.11(1.42-3.13);應(yīng)用Cox回歸模型調(diào)整混雜因素后合并HR(95％ CI)為1.83(1.08-3.09)

8、。當(dāng)采用無病生存期(Diseasefree survival，DFS)作為結(jié)局指標(biāo)時(shí)，單因素和多因素分析得到合并HR(95％ CI)分別為2.30(1.35-3.93)和3.72(1.65-8.38)。按樣本類型分層分析OS與BRCA1甲基化關(guān)系，使用福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin-fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE)組織檢測(cè)甲基化時(shí)合并HR(95％ CI)為1.75(1.25-2.46)，采用新鮮冷凍組織

9、檢測(cè)甲基化時(shí)合并HR(95％ CI)為1.38(0.16-11.84)，采用血漿樣本檢測(cè)甲基化時(shí)合并HR(95％ CI)為5.97(2.35-15.13)。按樣本類型分層分析DFS與BRCA1關(guān)系，采用FFPE樣本的合并HR(95％ CI)為1.85(0.99-3.49)，采用新鮮冷凍組織的合并HR(95％CI)為2.78(1.47-5.28)。BRCA1基因高甲基化能縮短三陰乳腺癌(Triple-negativebreast canc

10、er, TNBC)患者的DFS(合并HR:0.38，95％ CI:0.24-0.62)，在非TNBC患者中，合并HR(95％ CI)為1.58(1.20-2.07)。
　　結(jié)論:乳腺癌組織中BRCA1，GSTP1，P16INK4A，MGMT, PTEN, RARβ2和CCND2基因發(fā)生不同程度的甲基化改變，且這種異常甲基化與多種臨床病理特征相關(guān)。BRCA1和GSTP1基因高甲基化在乳腺癌中更為常見，具有潛在的乳腺癌診斷價(jià)值。Met