SLAF-GWAS分析豬腹股溝陰囊疝發(fā)生的關聯(lián)位點及相關候選基因驗證.pdf

1、豬腹股溝/陰囊疝一直受到養(yǎng)殖業(yè)者的關心和重視，它導致了貧弱的動物福利和巨大的生產(chǎn)經(jīng)濟損失。腹股溝/陰囊疝是一種復雜的疾病，主要由多基因和環(huán)境因素共同作用所致，研究進展較為緩慢。目前，許多研究小組采用不同的方法去解析豬腹股溝/陰囊疝的致病原理和尋找患病相關的易感區(qū)域，但所得到的結(jié)果不一致且沒有得到廣泛的驗證。本研究通過全基因組簡化測序，進行全基因組關聯(lián)分析，篩選出與豬腹股溝陰囊疝相關的多態(tài)位點，定位到相應的候選基因;同時也對國內(nèi)外各個研究

2、小組篩選出來的候選基因在本試驗群體中進行了驗證。主要的研究結(jié)果如下:
　　1.本試驗采集了包含法系大白豬、法系長白豬、美系大白豬以及多元雜交商品豬共270頭樣本群體;從中挑選出59頭患病個體和61頭正常個體作為高通量測序樣本，進行了簡化基因組重測序。根據(jù)完整度＞0.8，MAF＞0.05過濾，并獲得218460個高度一致的群體SNP?？紤]到群體結(jié)構的復雜性，首先利用SNP信息對樣本進行群體結(jié)構分析，再通過基于TASSEL軟件的線性模

3、型的進行分析。結(jié)果顯示，在總?cè)后w和法系大白分群體中，都沒有定位到十分顯著關聯(lián)的位點。對所有樣本進行患病-對照全基因組關聯(lián)分析，在總?cè)后w中定位到了7個顯著關聯(lián)的SNP位點;單獨分析法系大白群體時，定位到了9個顯著相關的SNP位點。
　　2.依據(jù)關聯(lián)的SNP信息，進行功能基因挖掘。在包含120個測序樣本的混合群體中，篩選出來了兩個位置功能候選基因CPNE5和MAP7D2;在含有57個測序樣本的法系大白群體中定位到了9個位點，但只篩選到

4、了1個功能位置候選基因MYCN。并對基因CPNE5和MAP7D2在270頭樣本中進行了多態(tài)性分析，結(jié)果顯示，患病豬和正常豬在CPNE5基因多態(tài)位點處的基因型分布差異極顯著（P=3.24081E-07＜0.01），等位基因頻率的分布差異也表現(xiàn)的極顯著(P=2.2726E-10＜0.01);MAP7D2基因多態(tài)位點的基因型分布(P=0.000967835＜0.01)和等位基因頻率的分布(P=4.15084E-06＜0.01)差異均極顯著。<

5、br>　　3.根據(jù)已報道的研究并結(jié)合陰囊疝的解剖學病理特點，我們選擇了SOX9、COL2A1、MMP2和INSL3這四個候選基因在本試驗群體中進行關聯(lián)分析。方差分析結(jié)果顯示:在混合群體中，SOX9基因與陰囊疝相關的多態(tài)位點的基因型分布差異顯著(P=2.56E-05＜0.01)，等位基因頻率分布差異極其顯著(P=0.000271＜0.01);COL2A1基因的相關位點在混合群體中，差異不顯著(P＞0.05)，但發(fā)現(xiàn)在法系群體中基因型頻率差