原發(fā)性干燥綜合征易感基因與子癇前期候選基因的研究.pdf

1、本文主要從以下幾方面進(jìn)行論述：
　　第一部分 全外顯子測序探究原發(fā)性干燥綜合征易感基因的研究。
　　干燥綜合征（Sjogren's syndrome，SS）是一種常見的自身免疫性疾病，臨床上典型表現(xiàn)為淋巴細(xì)胞浸潤外分泌腺，尤其是唾液腺及淚腺，造成腺體破壞，分泌功能受損?；颊叱憩F(xiàn)為口眼干燥外，隨病情進(jìn)展常累及全身各個系統(tǒng)器官。干燥綜合征如果單獨(dú)發(fā)生，即為原發(fā)性干燥綜合征(Primary Sjogren's syndrome，

2、pSS)，若伴隨其它免疫性疾病如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎等發(fā)生時，則為繼發(fā)性干燥綜合征(Secondary Sjogren's syndrome，sSS)。原發(fā)性干燥綜合征為常見病，在系統(tǒng)性自身免疫疾病中發(fā)病率僅次于風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。目前，干燥綜合征的發(fā)病機(jī)制尚不明確，疾病的發(fā)生發(fā)展過程涉及環(huán)境因素與遺傳因素的共同作用。pSS易感基因的研究是當(dāng)前對該病的研究熱點(diǎn)之一，以往的研究多采用候選基因法，近年有兩篇分別在白種人和中國漢族人群中開展

3、的GWAS，發(fā)現(xiàn)了新的與pSS相關(guān)的基因。
　　目的:
　　以往的研究發(fā)現(xiàn)的位點(diǎn)多為常見變異且多數(shù)位于基因的內(nèi)含子或基因間區(qū)域，對其功能的研究較為欠缺，本研究擬采用全外顯子測序技術(shù)(Whole exomesequence，WES)研究pSS，嘗試尋找與中國漢族人群pSS相關(guān)的外顯子區(qū)變異。
　　方法:
　　收集診斷明確的pSS患者共91例，健康對照152例，采集患者及對照的基本信息及外周血樣本，并提取基因組DNA

4、，保存?zhèn)溆?對11例pSS患者及6例健康對照采用Ion Proton測序平臺進(jìn)行測序;得到的序列信息經(jīng)TS系統(tǒng)完成比對和變異讀出等常規(guī)分析，IR系統(tǒng)內(nèi)置的分析模塊完成變異位點(diǎn)的生物學(xué)功能注釋及報告生成等重要步驟。對變異位點(diǎn)的注釋信息包括基因名稱、染色體位置、氨基酸變化、GO注釋、人群頻率及SIFT、Polyphen預(yù)測結(jié)果等，綜合考慮以上信息篩選變異位點(diǎn)并進(jìn)行驗證，以探索可能與pSS相關(guān)變異位點(diǎn)及基因。
　　結(jié)果:
　　1.

5、通過NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫檢索到可能與pSS相關(guān)的基因共171個，從WES結(jié)果中整理出位于這些基因區(qū)域內(nèi)的變異，經(jīng)篩選后對其中驗證無誤的5個變異位點(diǎn)，包括ETS1 c.*3297G＞A、DARC c.205C＞T、DARC c.131G＞A、KIR2DL1g.55295367G＞A和KIR2DL3 c.686C＞T在80例散發(fā)病例及146例健康對照中直接測序，這五個位點(diǎn)的分型結(jié)果顯示等位基因頻率及基因型分布差異無統(tǒng)計學(xué)意義（P＞0.0

6、5）.
　　2、通過對WES數(shù)據(jù)的分析，篩選到25個罕見變異位點(diǎn)(MAF＜0.01)，這些位點(diǎn)在6例對照中均未發(fā)現(xiàn)。對這25個位點(diǎn)所在基因進(jìn)行功能富集分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP, OAS1富集到Influenza A(P＜0.05)、Herpes simplex infection(P＜0.05)及Hepatitis B(P＜0.05)信號通路。
　　結(jié)論:
　　1、在中國漢族人群中位點(diǎn)ETS1 c.*3297G

7、＞A、DARC c.205C＞T、DARCc.131G＞A、KIR2DL1 g.55295367G＞A和KIR2DL3c.686C＞T可能與pSS不相關(guān)。
　　2、通過對本研究中發(fā)現(xiàn)的25個罕見變異所在基因進(jìn)行功能分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP、OAS1可能是pSS易感基因，但仍需驗證進(jìn)行確認(rèn)。
　　第二部分 中國漢族婦女子癇前期的候選基因關(guān)聯(lián)研究。
　　目的:
　　子癇前期（Preeclampsia，PE）是

8、發(fā)生于妊娠期20周以后，以新發(fā)高血壓和蛋白尿為發(fā)病特征的妊娠期高血壓疾病。PE被認(rèn)為是一種胎盤源性疾病，患者在胎盤娩出后常很快緩解或可自愈。發(fā)病機(jī)制目前尚不清楚，其病理過程主要涉及遺傳因素、免疫因素、胎盤缺血、內(nèi)皮細(xì)胞損傷及氧化應(yīng)激。本研究以181例PE患者（病例組）及203例健康孕婦（對照組）作為研究對象，對2q14.2區(qū)域的三個SNP位點(diǎn)rs12711941、rs7576192、rs7579169，分別位于基因ANG-1、SOD2、

9、SOD3的SNP位點(diǎn)rs2507800、rs4880、rs1799895及TIMP3基因的9個tagSNP位點(diǎn)與中國漢族婦女PE的相關(guān)性進(jìn)行了分析，以期發(fā)現(xiàn)與中國漢族婦女PE相關(guān)的位點(diǎn)及基因。
　　方法:
　　抽取181例PE患者及203例健康孕婦的外周血，提取基因組DNA，采用飛行時間質(zhì)譜法對以上15個位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。采用SPSS12.0對分型結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析，計算每個位點(diǎn)的等位基因頻率及基因型頻率在PE患者及健康孕婦中

10、是否存在差異。
　　結(jié)果:
　　rs7579169位點(diǎn)等位基因頻率在兩組間有差異(P=0.02， OR=1.44，95％CI1.05-1.98)，在顯隱性及加性模型下分別對該位點(diǎn)進(jìn)行分析，結(jié)果顯示在顯性模型下PE組與對照組存在差異（P=0.040，OR=2.278）。SNP位點(diǎn)rs7576192、rs12711941等位基因頻率及基因型頻率在病例組及對照組間均無統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.12，P=0.37)，分別在顯性、隱性及加性

11、模型下對這兩個位點(diǎn)進(jìn)行分析，兩組間均無統(tǒng)計學(xué)差異。對位點(diǎn)rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型進(jìn)行分析，結(jié)果顯示單體型GGC和GGT在PE患者及對照組間均存在差異(P=0.030，P=0.046)。多態(tài)位點(diǎn)rs2507800、rs4880、rS1799895等位基因頻率和基因型頻率在兩組間無統(tǒng)計學(xué)差異。對位點(diǎn)rs2507800、rs4880分別在顯隱性模型下進(jìn)行分析，仍無統(tǒng)計學(xué)差異。對TIMP基因9個t

12、agSNP的分析顯示，這些位點(diǎn)的等位基因頻率在兩組間無差異，但多次分娩（＞3次）的PE患者亞組與對照組相比，rs135025位點(diǎn)基因型分布在加性模型及顯性模型下差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.018，P=0.008)。位點(diǎn)rs80272基因型分布在加性模型及顯性模型下，重度子癇前期組與對照組相比有統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.014，P=0.041)。對這9個tagSNP(rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs24

13、2078、rs5754312、rs715572、rs80272和rs9609643)位點(diǎn)進(jìn)行單體型分析，發(fā)現(xiàn)單體型ACGTAAGCG在PE組與對照組間差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.035)。
　　結(jié)論:
　　rs7579169與PE相關(guān)，rs7576192及rs12711941與PE不相關(guān);rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型GGC和GGT與PE相關(guān)?；騎IMP3的9個tagSNP位點(diǎn)均與P