PRV感染PK-15細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究及自噬相關(guān)分析.pdf

1、偽狂犬病毒（Pseudorabies virus,PRV）是偽狂犬病的病原體，屬于皰疹病毒科，皰疹病毒屬。豬感染PRV后其臨床伴有發(fā)熱、流產(chǎn)和死胎等癥狀，給養(yǎng)豬業(yè)帶來嚴重的經(jīng)濟損失。轉(zhuǎn)錄組是指在一定的生長發(fā)育時期或生理條件下，細胞中所有轉(zhuǎn)錄物的總稱。目前偽狂犬病毒感染宿主細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)的相關(guān)研究較少。本研究對PRV感染12h（P-12）和PRV感染18h（P-18）的豬腎上皮細胞PK-15進行轉(zhuǎn)錄組測序，并對測序數(shù)據(jù)進行分析，包括測序數(shù)據(jù)

2、統(tǒng)計與評估、數(shù)據(jù)比對質(zhì)量評估、基因表達水平及差異分析、InterProScan功能注釋、GO功能分析、KEGG通路分析。研究結(jié)果表明：（1）與對照組相比，感染PRV12h后，發(fā)現(xiàn)18546個顯著差異表達轉(zhuǎn)錄本，包含17427個新轉(zhuǎn)錄本，注釋到基因組的參考基因1119個；其中17255個基因轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生上調(diào)，1291個基因轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生下調(diào)。同樣感染PRV18h后，發(fā)現(xiàn)47318個顯著差異表達轉(zhuǎn)錄本，包含44993個新轉(zhuǎn)錄本，注釋到基因組的

3、參考基因2325個；其中44727個基因轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)，2591個基因轉(zhuǎn)錄水平下調(diào)。（2）轉(zhuǎn)錄組測序后，對IRF3、STAT6和PKR進行RT-PCR驗證，結(jié)果表明IRF3基因出現(xiàn)上調(diào)，STAT6，PKR基因出現(xiàn)下調(diào)。這些研究結(jié)果為進一步了解偽狂犬病毒感染宿主細胞的作用機制提供了理論參考。
　　自噬是調(diào)控哺乳動物蛋白質(zhì)被細胞器降解的代謝途徑，大量研究表明自噬對于維持機體組織細胞和生物體內(nèi)的平衡極其重要。研究表明多種病毒感染與自噬密切