R語言包InfiniumPurify在腫瘤純度估計和差異甲基化分析中的應(yīng)用.pdf

1、DNA甲基化與人類發(fā)育以及腫瘤疾病密切相關(guān)，對腫瘤細胞純度的估計以及差異甲基化分析都是表觀遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容。但是，基于DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)來研究腫瘤細胞純度以及差異甲基化分析的方法還不完善。由于腫瘤樣本中含有正常細胞，而腫瘤純度會給混合腫瘤-正常樣本的差異甲基化分析帶來偏差甚至是產(chǎn)生錯誤預(yù)測?，F(xiàn)有的方法還沒有完全實現(xiàn)對腫瘤樣本的“矯正”，估計純腫瘤樣本甲基化水平的方法有待研究。
　　本文通過InfiniumPurify包來研究

2、上述問題。InfiniumPurify包含如下三個模型：第一，估計腫瘤細胞純度的getPurity函數(shù)。getPurity首先基于混合腫瘤-正常樣本的β值矩陣得到差異最顯著的CpG位點（記為iDMCs），再通過iDMCs屬于超甲基化位點還是低甲基化位點來轉(zhuǎn)換iDMCs的甲基化水平，最后對這些iDMC利用核密度估計得到腫瘤樣本的純度。預(yù)測的結(jié)果與ABSOLUTE以及其他方法的結(jié)果高度一致；第二，考慮腫瘤純度進行差異甲基化分析的Infini

3、umDMC函數(shù)。由于InfiniumDMC考慮了腫瘤樣本的純度，避免了因為腫瘤樣本不純而導(dǎo)致的差異甲基化分析中誤差的出現(xiàn)，與其它現(xiàn)有的方法相比得到的差異甲基化位點更準確；在沒有正常樣本控制時InfiniumDMC也可以進行差異甲基化分析，大大擴展了對TCGA數(shù)據(jù)的分析與應(yīng)用；第三，InfiniumPurify函數(shù)，其基于腫瘤、正常樣本以及腫瘤純度值通過線性回歸模型來估計純的腫瘤樣本的甲基化水平，經(jīng)過純度的矯正，使得差異甲基化位點處腫瘤樣