數(shù)據(jù)挖掘方法在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用研究.pdf

1、本論文的主要貢獻(xiàn)為：1.針對差異蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)挖掘中對于疾病病程診斷問題，建立了加權(quán)整合分類分析方法(Weighted Integrative Classification Analysis，WICA)，為基于蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的疾病病程診斷研究提供了新的分類分析手段。2.以DNA損傷修復(fù)相關(guān)的蛋白相互作用研究為關(guān)注點，發(fā)展了基于定量信息和功能結(jié)構(gòu)域的蛋白相互作用組學(xué)聚類分析方法(Quantitive Interactome Domainma

2、pping Clustering Analysis，QIDCA)，拓展了聚類分析在蛋白相互作用組學(xué)的研究中的新視角。3.通過聚類和統(tǒng)計分析研究絲氨酸、蘇氨酸和賴氨酸乙?；揎椀鞍椎男蛄刑卣鳎l(fā)現(xiàn)了乙?；揎椞卣魑稽c的信息，為乙酰化修飾的預(yù)測提供參考。
　　隨著蛋白質(zhì)組學(xué)的快速發(fā)展，數(shù)據(jù)挖掘方法在蛋白質(zhì)組學(xué)中發(fā)揮著越來越重要的作用。本文將多種最新的數(shù)據(jù)挖掘方法在差異蛋白質(zhì)組學(xué)、蛋白相互作用組學(xué)以及蛋白質(zhì)翻譯后修飾中進(jìn)行了應(yīng)用和發(fā)展。

3、
　　第一章：前言。簡介了數(shù)據(jù)挖掘的分類分析的方法流程，綜述了在差異蛋白質(zhì)組學(xué)分類分析中使用的特征選擇、特征提取方法、常用的分類器模型和分類器的性能評價指標(biāo)，并且重點介紹了組合分類器的方法、優(yōu)勢及其在差異蛋白質(zhì)組學(xué)疾病診斷模型中的典型應(yīng)用。此外，簡要介紹了聚類分析的思想及在蛋白質(zhì)組研究中的應(yīng)用進(jìn)展。
　　第二章：加權(quán)整合分類分析(WICA)方法。在差異蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的疾病病程診斷問題中，特征選擇、特征提取和分類分析方法發(fā)揮

4、著重要的作用，分類器的組合及分析方法的整合正在得到更高的關(guān)注。我們在特征空間優(yōu)化和組合分類器的思想基礎(chǔ)上，建立了加權(quán)整合分類分析方法(Weighted IntegrativeClassification Analysis，WICA)。將LDA、KNN、SVM、DT、NBC和BP-ANN六種分類器進(jìn)行組合，結(jié)合單變量統(tǒng)計分析，SFS、GA特征選擇以及PCA和PLS特征提取方法進(jìn)行整合，在整合過程中對各個基分類器按照分類準(zhǔn)確率賦予權(quán)重系數(shù)，

5、以模糊屬性值作為分類結(jié)果的輸出形式，并設(shè)計了圖形化的用戶操作界面程序。
　　第三章：WICA方法在基于肝病病程的差異蛋白質(zhì)組學(xué)診斷分類中的應(yīng)用。將WICA方法在基于SELDI技術(shù)的肝病病程差異蛋白質(zhì)組學(xué)的研究中進(jìn)行了應(yīng)用。結(jié)果顯示W(wǎng)ICA的分類準(zhǔn)確性和魯棒性明顯優(yōu)于LDA、KNN、SVM、DT、NBC和ANN方法，此外，WICA分類結(jié)果的模糊屬性還提供了關(guān)于疾病程度和診斷可靠程度等更為豐富的信息。
　　第四章：WICA方法在

6、卵巢癌差異蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集中的應(yīng)用。將WICA分析方法在基于SELDI和MALDI的兩組卵巢癌公共數(shù)據(jù)集中進(jìn)行應(yīng)用。WICA方法在這兩組數(shù)據(jù)集中表現(xiàn)出了相對其他分類方法更加準(zhǔn)確和穩(wěn)定的優(yōu)勢。研究同時指出了WICA方法的局限性，并為將來的發(fā)展和改進(jìn)提出了建議。
　　第五章：基于定量信息和功能結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)相互作用組學(xué)的聚類分析。除分類分析以外，聚類分析是另一大類的數(shù)據(jù)挖掘方法。本章將聚類分析方法應(yīng)用于DNA損傷修復(fù)相關(guān)的蛋白相互作用

7、研究中，發(fā)展了基于定量信息和功能結(jié)構(gòu)域的蛋白相互作用組學(xué)聚類分析方法(Quantitive Interactome Domain mappingClustering Analysis，QIDCA)。此方法很好地幫助我們觀察了肝癌細(xì)胞和正常肝細(xì)胞中H2AX復(fù)合物在博來霉素刺激下的變化情況，使得我們對H2AX為中心的DNA損傷調(diào)控機制有了更新的認(rèn)識。
　　第六章：絲氨酸、蘇氨酸和賴氨酸乙?；稽c相鄰氨基酸頻率的聚類分析。蛋白質(zhì)的乙?；?/p>