新生兒腸道菌群分布特征及其影響因素.pdf

1、第一部分：DGGE分析新生兒期腸道菌群多樣性及影響因素
　　目的：利用PCR-DGGE技術(shù)，研究新生兒腸道菌群多樣性的動(dòng)態(tài)特征，分析影響腸道菌群多樣性的相關(guān)因素。
　　方法：采集157例足月兒和72例早產(chǎn)兒生后第3、5、7天及3周的糞便標(biāo)本，提取細(xì)菌總DNA，對(duì)其16S rDNA的V3可變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)DGGE電泳后計(jì)算豐富度和Shannon指數(shù)，進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。
　　結(jié)果：（1）新生兒腸道菌群隨時(shí)間動(dòng)態(tài)

2、變化，3天到3周的豐富度均隨時(shí)間增多（6.17±2.23，10.34±2.60，13.04±3.82，13.86±3.81），1周內(nèi)的Shannon指數(shù)隨時(shí)間上升（1.33±0.34，1.74±0.25，1.80±0.31），第3周較第7天的多樣性無明顯變化（P>0.05）。第5天豐富度及Shannon指數(shù)明顯高于第3天（P<0.001）。（2）出生方式的影響：剖宮產(chǎn)兒生后第3天的豐富度和Shannon指數(shù)（5.63±2.05，1.24

3、±0.35）明顯低于順產(chǎn)兒（6.82±2.28，1.44±0.30，P<0.001）；第5天Shannon指數(shù)也低于順產(chǎn)兒（P<0.05），1周和3周兩組無差異。（3）喂養(yǎng)方式的影響：1周和3周時(shí)母乳喂養(yǎng) Shannon指數(shù)（1.75±0.32，1.79±0.32）較非母乳喂養(yǎng)低（1.88±0.29，1.92±0.35，P<0.05)，豐富度無差異（P>0.05）。（4）胎齡的影響：足月兒3、5、7天的豐富度和3、5天的Shannon指

4、數(shù)均明顯高于早產(chǎn)兒。第3周兩組無明顯差異。
　　結(jié)論：新生兒期腸道菌群多樣性隨時(shí)間呈動(dòng)態(tài)性變化，3-5天為菌群發(fā)展最迅速時(shí)期。剖宮產(chǎn)新生兒早期的腸道菌群多樣性低于順產(chǎn)兒。母乳喂養(yǎng)多樣性低于非母乳喂養(yǎng)。早產(chǎn)兒腸道菌群多樣性低下，定植延遲。
　　第二部分：Illumina高通量測(cè)序分析胎齡及喂養(yǎng)方式對(duì)早產(chǎn)新生兒期腸道菌群分布特征的影響
　　目的：應(yīng)用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)，研究胎齡及喂養(yǎng)方式對(duì)早產(chǎn)兒腸道菌群分布特征

5、的影響。
　　方法：（1）選取剖宮產(chǎn)、母乳及人工喂養(yǎng)的早產(chǎn)兒35名入喂養(yǎng)組；選取剖宮產(chǎn)、人工喂養(yǎng)早產(chǎn)兒22名入胎齡組。（2）將糞便細(xì)菌 DNA等濃度等比例混合，擴(kuò)增16SrDNA V3區(qū)，應(yīng)用Illumina Miseq平臺(tái)測(cè)序，分析腸道菌群組成特征。
　　結(jié)果：（1）早產(chǎn)兒腸道菌群以兩個(gè)細(xì)菌門類--Firmicutes、Proteobacteria、三個(gè)綱--Bacilli、Clostridia、Gammaproteoba

6、cteria為主。在科水平以Streptococcaceae、Veillonellaceae、Enterobacteriaceae占主要優(yōu)勢(shì)。整個(gè)觀察期未檢出Bacteroidetes和Bifidobacterium。（2）喂養(yǎng)方式的影響：兩種喂養(yǎng)方式對(duì)主要菌門和菌屬的相對(duì)豐度的影響無明顯差異。低豐度水平上，母乳喂養(yǎng)兒比人工喂養(yǎng)兒擁有更豐富的物種，研究發(fā)現(xiàn) Lactobacillus母乳組顯著高于人工喂養(yǎng)組（P<0.05）。而Esche

7、richia甚至在人工喂養(yǎng)組未能檢出。另外，在不同時(shí)間點(diǎn)兩組菌群結(jié)構(gòu)也存在差異，門水平的差異主要表現(xiàn)在3-5天。（3）胎齡的影響：大胎齡組較小胎齡組擁有更豐富的物種，優(yōu)勢(shì)菌屬Veillonella在大胎齡組明顯高于小胎齡組（P<0.05）。
　　結(jié)論：高通量測(cè)序揭示了早產(chǎn)兒腸道菌群特征：更多兼性厭氧菌定植，嚴(yán)格厭氧菌定植延遲。胎齡是影響早產(chǎn)兒腸道菌群分布特征的重要因素。喂養(yǎng)方式對(duì)主要菌群結(jié)構(gòu)影響不大，人工喂養(yǎng)對(duì)部分低豐度菌群的建立