食肉目TLR1，2和4基因的分子進(jìn)化初步研究.pdf

1、四川農(nóng)業(yè)大學(xué)SichuanAgriculturalUniversityDissertationfortheDegreeofMasterofScienceinAgricultureEvolutionaryanalysisofTLR1，2and4inorderCarnivoraWeiLiuDirectedbyProLHuailiangXuYa’a_qSichuan625014PRChinaEmail：wlyml27@gmailcornATh

2、esisSubmittedtOtheSichuanAgriculturalUniversityinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofScienceinAgriculture四JIf農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士畢業(yè)論文摘要在脊椎動物進(jìn)化過程中，適應(yīng)性免疫的獲得往往會造成天然免疫相關(guān)基因受到的選擇壓力的改變。在果蠅的不同物種間，模式識別受體相關(guān)的基因比其他天然免疫基因表現(xiàn)出了更

3、多適應(yīng)性進(jìn)化。因此，探宄先天性免疫相關(guān)基因在脊椎動物中的進(jìn)化動力學(xué)將有利于更深入地理解物種進(jìn)化過程中抗病和適應(yīng)環(huán)境的機(jī)理；食性不同的動物，其腸道微生物菌群存在顯著的差異，然而腸道微生物會對宿主機(jī)體的免疫能力有明顯的調(diào)控作用，因此，脊椎動物腸道菌群會對天然免疫相關(guān)基因受到的選擇壓力有所“調(diào)控”嗎通過引入數(shù)學(xué)模型，以及模型的改進(jìn)，分子進(jìn)化的方法在近年來已發(fā)展成為一個在檢測適應(yīng)性進(jìn)化方面強(qiáng)有力的方法，其靈敏度和計算速度得到了巨大的發(fā)展。食肉目

4、動物是脊椎動物中的一個大類群，其中的大熊貓和小熊貓“退化”為典型的“素食主義者”，為研究上面的兩個假設(shè)提供有利的優(yōu)勢。基于前面的兩個假設(shè)，本研究利用PCR產(chǎn)物直接測序的成熟生物學(xué)技術(shù)，基于最大似然法研究天然免疫相關(guān)基因TLRl，2和4在食肉目動物中的進(jìn)化動力學(xué)和食性對其進(jìn)化動力學(xué)的影響，獲得的主要結(jié)果如下：1)獲得了4個物種的TLRl基因序列，其中豬獾和東北虎為完整編碼區(qū)序列，其長度為2370bp，而黑熊和黃鼬的為部分編碼區(qū)序列，長度為

5、2229bp；獲得了7個物種的TLR2基因完整編碼區(qū)序列，包括東北虎，黑熊，豹貓，果子貍，黃鼬，鼬獾，豬獾，其全長為2358bp；測得了9個物種的TLR4基因編碼區(qū)序列，包括小熊貓，豬獾，鼬獾，黃鼬，果子貍，東北虎，豹貓，斑林貍，黑熊，其全長為2502bp；3個目的基因在食肉目中的同源性分析結(jié)果顯示每個基因的核苷酸序列和氨基酸序列都比較保守，相似性均在80％以上；SMART預(yù)測結(jié)構(gòu)功能域揭示3個蛋白的大致結(jié)構(gòu)相差不大，主要區(qū)別在于胞外區(qū)