結(jié)球白菜結(jié)球期葉片的表達(dá)序列標(biāo)簽及基因表達(dá)分析.pdf

1、結(jié)球白菜(Brassica rapa L. ssp.pekinensis)原產(chǎn)于我國(guó),是中國(guó)北方地區(qū)的重要蔬菜之一.在長(zhǎng)期的自然進(jìn)化和人工選擇的共同作用下,形成了以貯藏營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)為功能器官的葉球.研究葉球的形成過(guò)程無(wú)疑對(duì)于提高大白菜的產(chǎn)量和品質(zhì)有著重要的意義.目前有關(guān)結(jié)球機(jī)理的研究在國(guó)際范圍內(nèi)仍然處于起步階段.為了從基因組水平了解結(jié)球期葉片的基因表達(dá)情況,實(shí)驗(yàn)室先前構(gòu)建了結(jié)球白菜結(jié)球前期包心葉和球葉cDNA文庫(kù),通過(guò)對(duì)文庫(kù)的進(jìn)一步處理和分

2、析,我們獲得了以下主要結(jié)果:利用λZipLox噬菌體侵染寄主菌DH10B,完成了cDNA文庫(kù)中2967個(gè)陽(yáng)性噬菌體克隆向質(zhì)?？寺〉霓D(zhuǎn)變,并完成全部轉(zhuǎn)化菌的質(zhì)粒提取工作.利用DNAStar軟件中的SeqmanⅡ模塊對(duì)2372條EST序列進(jìn)行片段重疊群(contig)分析,共計(jì)獲得1641個(gè)不同的片段重疊群,所有contig全長(zhǎng)為782616bp,平均長(zhǎng)度為477 bp.利用blastx程序,在蛋白質(zhì)水平上與登錄在NCBI非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

3、(nr)中的序列進(jìn)行比對(duì)后發(fā)現(xiàn),1232個(gè)contig即1810條EST在數(shù)據(jù)庫(kù)中可以找到同源物,占有效EST總數(shù)的76.3％.物種來(lái)源上看,雖然功能已知的同源蛋白質(zhì)中,來(lái)自擬南芥的占有絕大多數(shù),但與est others數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)后,同源性最高的EST中只有51%來(lái)自擬南芥.同源物功能已知部分參照擬南芥研究中的方法,根據(jù)其同源蛋白的生物學(xué)作用或生化功能分類(lèi),發(fā)現(xiàn)參與蛋白質(zhì)合成的基因數(shù)量最多(22.5%),其次是參與能量代謝(15.7

4、%)、細(xì)胞防衛(wèi)(12.2%)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(7.1%)、細(xì)胞結(jié)構(gòu)(6.9%)、初級(jí)代謝(6.6%)、蛋白質(zhì)修飾和加工儲(chǔ)藏(6.4%)等途徑的基因.通過(guò)提高反應(yīng)混合物中引物和dNTP的濃度,對(duì)cDNA的全面擴(kuò)增技術(shù)(PolyAPCR)作了進(jìn)一步的優(yōu)化.分析雜交結(jié)果,發(fā)現(xiàn)152個(gè)雜交點(diǎn)在蓮座期與結(jié)球中期葉片中表達(dá)量上有較明顯差異,其中94個(gè)為候選結(jié)球期上調(diào)表達(dá)類(lèi)型,其余58個(gè)為結(jié)球期候選下調(diào)表達(dá)類(lèi)型.功能已知部分的候選基因中,表達(dá)水平上調(diào)部分主