孟加拉笛鯛和四帶笛鯛線(xiàn)粒體基因組特征及分子進(jìn)化研究.pdf

1、笛鯛屬(Lutjanus)魚(yú)類(lèi)隸屬鱸形目(Perciformes)笛鯛科(Lutjanidae)，是一類(lèi)廣泛分布于熱帶和亞熱帶的巖礁魚(yú)類(lèi)，為重要的海洋經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)。本文通過(guò)Long-PCR技術(shù)，測(cè)定了孟加拉笛鯛(Lutjanus bengalensis)和四帶笛鯛(Lutjanus kasmira)線(xiàn)粒體基因組全序列，并探討了笛鯛魚(yú)類(lèi)mtDNA分子進(jìn)化的特點(diǎn)，結(jié)果表明： 孟加拉笛鯛和四帶笛鯛mtDNA全序列長(zhǎng)度分別為16511bp和

2、16514bp，均具有硬骨魚(yú)類(lèi)線(xiàn)粒體基因組的典型結(jié)構(gòu)。都包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，2個(gè)rRNA基因，22個(gè)tRNA基因，和1個(gè)控制區(qū)。在堿基組成上兩種笛鯛沒(méi)有出現(xiàn)明顯的A偏倚，除了G之外，A、T、C的含量都比較接近?；蚍植汲什痪恍?，其中輕鏈僅編碼8個(gè)tRNA基因(Pro、Glu、Ser、Tyr、Cys、Asn、Ala、Gin)及ND6基因，其余29個(gè)基因皆由重鏈編碼。兩種笛鯛的各同源蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子和終止密碼子均相同，除C

3、O I是以GTG作為起始密碼子外，其它編碼蛋白基因均是以ATG起始：ND1、COII、ND3以TAG作為終止密碼子，而ND4、Cyt6則以不完全的T為終止密碼子，其余8個(gè)蛋白質(zhì)基因的終止密碼子都為T(mén)AA；22個(gè)tRNA中，除了tRNAser(AGY)基因的二級(jí)結(jié)構(gòu)缺少DHU臂外，其余都為典型的三葉草結(jié)構(gòu)，tRNA折疊除正常的堿基配對(duì)之外，還存在堿基U和G的錯(cuò)配現(xiàn)象?？刂茀^(qū)是AT富集區(qū)，也是整個(gè)mtDNA中變異最大的區(qū)域?？梢詫⒌氧狋~(yú)類(lèi)的

4、控制區(qū)分為終止序列區(qū)、中央保守區(qū)和保守序列區(qū)三個(gè)區(qū)域，找到了終止相關(guān)的序列ETAS以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3)，并給出了它們的一般形式。兩種笛鯛線(xiàn)粒體基因組全序列提交至GenBank，序列登錄號(hào)為FJ171339和FJ416614。 BLAST結(jié)果表明孟加拉笛鯛和四帶笛鯛線(xiàn)粒體基因組的絕大部分區(qū)段與GenBank中現(xiàn)有其它魚(yú)類(lèi)的序列有較高同源性，且與形態(tài)學(xué)分類(lèi)的階

5、元關(guān)系吻合。基于14種笛鯛線(xiàn)粒體區(qū)段CO I、CO II和Cyt b基因的全序列合并成的一個(gè)組合數(shù)據(jù)集構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，分析結(jié)果表明，孟加拉笛鯛和四帶笛鯛不僅在外形上相似，在分子系統(tǒng)學(xué)分類(lèi)上也屬于親緣關(guān)系很近的兩個(gè)物種，數(shù)據(jù)表明分子進(jìn)化關(guān)系與基于Allen的形態(tài)學(xué)分類(lèi)系統(tǒng)所強(qiáng)調(diào)的體色、體側(cè)帶型特征相關(guān)性明顯。利用線(xiàn)粒體DNA控制區(qū)全序列構(gòu)建17種笛鯛魚(yú)類(lèi)的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。系統(tǒng)發(fā)育分析表明，線(xiàn)粒體DNA控制區(qū)序列適合于笛鯛魚(yú)類(lèi)的系統(tǒng)發(fā)育分析，且