豬群中三種新發(fā)小DNA病毒的分子流行病學(xué)研究.pdf

1、近年來，豬群中新發(fā)病原不斷涌現(xiàn)，尤其是小DNA病毒，其直接或間接地給我國乃至世界養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。圓環(huán)病毒科圓環(huán)病毒屬的豬圓環(huán)病毒2型（Porcine circovirus type 2，PCV2）、未定科的指環(huán)病毒屬的豬細(xì)環(huán)病毒（Porcine torque teno virus，PTTV）及細(xì)小病毒科細(xì)小病毒亞科博卡病毒屬的豬博卡病毒（Porcine bocavirus，PBoV）都是小DNA病毒，其基因組在1.7kb~5

2、.2kb之間。本研究主要對(duì)以上三種病毒進(jìn)行分子流行病學(xué)研究，研究內(nèi)容如下：
　　 在PCV2的分子流行病學(xué)研究中，普通PCR檢測結(jié)果顯示PCV2在2009年送檢病料中的檢出率（61.3%，117/191）顯著性高于2008年的檢出率（19.4%，61/315）（P<0.05）。先前的鑒別PCR被優(yōu)化，對(duì)隨機(jī)選取的118份PCV2陽性樣品進(jìn)行檢測，結(jié)果顯示PCV2a/2e陽性率為30.5%，PCV2c/2d陽性率為37.3%，共感

3、染率為32.2%。而在41份健康的豬樣品中未檢測到共感染的存在，但PCV2的單一感染存在（10/41）。從共感染樣品GX0841和BJ0901中得到4株P(guān)CV2全基因組，進(jìn)化樹分析結(jié)果表明4株P(guān)CV2屬于不同的基因型（PCV2a、PCV2d、PCV2e和PCV2f）。此外，運(yùn)用PCR和滾環(huán)擴(kuò)增方法得到16株P(guān)CV2全基因組，進(jìn)化樹分析顯示它們被分為5個(gè)不同的基因型，但未檢測到PCV2c在我國流行。統(tǒng)計(jì)2009年191份病料檢測結(jié)果還發(fā)現(xiàn)

4、PRRSV和CSFV在PCV2陽性樣品中的感染率顯著性高于PCV2陰性樣品中的感染率，分別為55.6% vs 36.5%和30.8% vs 17.6%。
　　 在PTTV的分子流行病學(xué)研究中，PCR檢測結(jié)果顯示PTTV在2008年和2009年送檢病料中的檢出率分別為83.3%（50/60）和77%（147/191），無顯著性差異存在（P>0.05），但其明顯高于健康豬體內(nèi)檢出率（48.8%，20/41）（P<0.01）?？寺C

5、R產(chǎn)物時(shí)發(fā)現(xiàn)同一份樣品中存在多種PTTV株的共感染現(xiàn)象。序列比對(duì)分析認(rèn)為PTTV2的非編碼區(qū)核苷酸序列比PTTV1變異大，主要表現(xiàn)在11個(gè)或12+21個(gè)核苷酸插入。進(jìn)化樹分析也顯示PTTV2不同株之間的進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。PRRSV在PTTV1陽性發(fā)病樣品中的感染率（42.7%，56/131）與陰性樣品中感染率（45%，27/60）不存在顯著性差異（P>0.05），而PRRSV在PTTV2陽性發(fā)病樣品中的感染率（52.4%，54/103）顯著

6、性高于PTTV2陰性發(fā)病樣品中的感染率（33%，29/88）（P<0.01）；CSFV在PTTV1和PTTV2陽性發(fā)病樣品中的感染率（32.8%和37.9%）均顯著性高于陰性樣品中感染流行（15%和14.8%）（P<0.01）。
　　 在PBoV的分子流行病學(xué)研究中，首次建立了PBoV的PCR檢測方法，其具有良好的特異性、敏感性和重復(fù)性。對(duì)2009年送檢的191份病料及收集的41份健康豬樣品進(jìn)行檢測，結(jié)果顯示PBoV在豬群中廣泛

7、存在，其在發(fā)病豬中的檢出率為39.3%（75/191），尤其以斷奶仔豬中檢出率（69.7%，69/99）最高，而在健康豬樣品中檢出率較低（7.3%，3/41）。序列比對(duì)顯示PBoV的部分VP1/VP2基因很保守，同源性在99%~100%之間。PRRSV 在PBoV陽性樣品中的感染率（66.7%，50/75）顯著性高于PBoV陰性樣品（28.4%，33/116）（P<0.05），而CSFV在PBoV陽性樣品中的感染率（33.3%，25/7