半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)基因組SNP標(biāo)記的開發(fā)與檢測.pdf

1、半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)是我國重要的海水養(yǎng)殖魚類,其主要經(jīng)濟(jì)性狀多數(shù)屬于數(shù)量性狀(QTL),受到眾多基因控制,擁有復(fù)雜的遺傳機(jī)制,建立高密度的遺傳圖譜是精確定位這些QTL以進(jìn)行選擇育種的必要條件。單核苷酸多態(tài)性(Single Nuclcotidc Polymorphism,SNP)標(biāo)記的出現(xiàn),很好地解決了這一問題,SNP在基因組中的分布非常廣泛,密度高,并且易于自動(dòng)化分析,非常適合于建立遺傳圖譜,進(jìn)行精確

2、的QTL定位。但在半滑舌鰨中,SNP應(yīng)用研究起步較晚,缺乏足夠的SNP位點(diǎn)來構(gòu)建遺傳圖譜或進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。本研究以半滑舌鰨為研究材料,探討了半滑舌鰨SNP標(biāo)記的開發(fā)及檢測。
　　 以本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的半滑舌鰨雌魚fosmid基因組文庫部分克隆的雙末端測序結(jié)果為基礎(chǔ),對52段半滑舌鰨基因組DNA序列進(jìn)行PCR-SSCP分析,檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn)24段序列具有SSCP多態(tài)性,通過對多態(tài)性產(chǎn)物測序得到115個(gè)SNP位點(diǎn),SNP頻率為0.74％,其中

3、包括轉(zhuǎn)換型SNP 79個(gè)、顛換型SNP 36個(gè),并未發(fā)現(xiàn)三態(tài)和四態(tài)SNP位點(diǎn)。
　　 根據(jù)SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物,通過半巢式的等位基因特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(AS-PCR)檢測和驗(yàn)證,結(jié)果共有-17組引物得到了良好的分型結(jié)果。PCR產(chǎn)物經(jīng)膠回收測序,測序結(jié)果表明,分型結(jié)果與測序分析結(jié)果完全一致。使用所有17組引物對野生半滑舌鰨群體進(jìn)行AS-PCR分型檢測,預(yù)期雜合度分布區(qū)間為0.097～0.508,觀測雜合度分布區(qū)間為0.033～0.