對(duì)人工飼料攝食性不同蠶品種Long-SAGE文庫(kù)的構(gòu)建與差異表達(dá)基因分析.pdf

1、家蠶(Bombyxmori)食性的研究，是家蠶生物學(xué)、生理學(xué)和遺傳學(xué)的重要組成部分，其中家蠶對(duì)人工飼料的攝食性則是其研究的重點(diǎn)。家蠶對(duì)人工飼料的攝食性，在品種間、個(gè)體間都存在顯著差異，食性的個(gè)體差異是導(dǎo)致人工飼料育發(fā)育不齊的根本原因，也是限制人工飼料實(shí)用化的主要技術(shù)障礙。前人在家蠶對(duì)人工飼料攝食性的生理遺傳學(xué)及嗅覺(jué)、味覺(jué)的分子機(jī)理等方面已進(jìn)行了廣泛深入的研究，取得了豐富的研究成果，但是關(guān)于家蠶攝食性相關(guān)基因的分子水平研究尚未獲得突破。<

2、br>　　 1995年Velculescu等首先提出了基因表達(dá)系列分析(SerialAnalysisofGeneExpression，SAGE)的方法，該方法具有快速、靈敏、高通量、高豐度、易于發(fā)現(xiàn)未知序列等優(yōu)點(diǎn)，是一種廣泛適用的定量分類(lèi)和各種狀態(tài)中表達(dá)基因比對(duì)的有力工具。
　　 本論文以對(duì)人工飼料攝食性存在顯著差異的蠶品種(品系)為材料，構(gòu)建了攝食性不同家蠶的Long-SAGE表達(dá)譜文庫(kù)，利用生物信息學(xué)方法系統(tǒng)分析了高食性蠶

3、和低食性蠶之間差異表達(dá)的標(biāo)簽(Tag)，挖掘了與家蠶對(duì)人工飼料攝食性相關(guān)的基因。主要獲得如下結(jié)果：
　　 1、分別以廣食和魯七品種3齡起蠶的頭部和中腸、菁松A高食性品系和低食性品系以及菁松B高食性品系和菁松B低食性品系的2齡起蠶為材料，構(gòu)建了8個(gè)Long-SAGE數(shù)字表達(dá)譜文庫(kù)，其中以廣食和魯七中腸SAGE文庫(kù)為消減庫(kù)。每個(gè)比較文庫(kù)都以高食性蠶與低食性蠶進(jìn)行比對(duì)，獲得了4個(gè)比較文庫(kù)。
　　 2、對(duì)可以匹配到已知基因，并且

4、符合差異標(biāo)準(zhǔn)的差異標(biāo)簽進(jìn)行篩選，其中在廣食與魯七頭部差異比較文庫(kù)、菁松A比較文庫(kù)和菁松B比較文庫(kù)共同存在的差異表達(dá)基因有34個(gè)；在廣食與魯七頭部差異比較文庫(kù)和菁松A比較文庫(kù)的共有差異表達(dá)基因119個(gè)，其中上下調(diào)趨勢(shì)一致的有50個(gè)；在廣食與魯七頭部差異比較文庫(kù)和菁松B比較文庫(kù)中共同存在的共有差異差異基因179個(gè)，上下調(diào)趨勢(shì)一致的有82個(gè)；菁松A比較文庫(kù)和菁松B比較文庫(kù)中共同存在的共有差異表達(dá)基因113個(gè)；上下調(diào)趨勢(shì)一致的有21個(gè)。

5、　　 3、對(duì)構(gòu)建Long-SAGE文庫(kù)時(shí)未匹配到基因的標(biāo)簽進(jìn)行篩選，在符合差異標(biāo)準(zhǔn)的廣食與魯七頭部差異比較文庫(kù)、菁松A比較文庫(kù)和菁松B比較文庫(kù)中篩選到共同存在的差異標(biāo)簽84條，并對(duì)得到的84條差異標(biāo)簽(Tag)再次在NCBI中進(jìn)行BLAST比對(duì)，共有39條差異標(biāo)簽重新匹配到已知基因或EST序列，45條差異標(biāo)簽未能成功匹配。
　　 4、對(duì)上述未匹配到已知基因的差異標(biāo)簽(Tag)，進(jìn)行了標(biāo)簽的延長(zhǎng)(GLGI)，共成功延長(zhǎng)17條Ta

6、g，其中12條比對(duì)到了已知基因。
　　 5、對(duì)上述差異表達(dá)基因進(jìn)行PATHWAY分析，有42個(gè)基因比對(duì)到相關(guān)的代謝通路，參與到42個(gè)PATHWAY通路的過(guò)程。分析這些通路的功能，其中1個(gè)基因參與有機(jī)體系統(tǒng)的構(gòu)建，24個(gè)基因涉及到代謝過(guò)程，18個(gè)基因與遺傳信息的處理相關(guān)，3個(gè)基因參與了細(xì)胞過(guò)程，還有一個(gè)基因參與了環(huán)境信息處理過(guò)程。
　　 6、將家蠶中已有報(bào)道的嗅味覺(jué)相關(guān)基因，在所構(gòu)建的8個(gè)SAGE文庫(kù)和4個(gè)比較文庫(kù)中進(jìn)行查